南京城的风水历来被堪舆家所称道，说：“金陵是都，虎踞龙蟠，兴王之居。”南京城周围有马蹄形山林体环绕，开敞的一面比较平坦，并有长江及其支流萦回其间。明南京城的选址，据《明实录》记载，是1366年朱元璋令当时最著名的风水先生“刘基卜地，定新宫于神山阳。”
明代著名文人杨荣写《皇都大一统赋》称赞南京风水说：“既渡江左，乃都金陵。金陵之都，王气所钟。石城虎踞之险，钟山龙蟠之雄。伟长江之天堑，势百折而与流。炯后湖之环绕，湛宝镜之涵空。状江南之佳丽，汇万国之朝宗。此其大略也。”
南京城的风水以石头城为白虎，以钟山为青龙，朱雀、玄武既全，又有长江天堑不绕，形局较好。
由阴、阳协调的观念发展而来，城市平面布局普遍采用中国古代风水思想的四分世界观，四方守护神，即用青龙、白虎、朱雀、玄武代表东、西、南、北四个方位。它们与中心结合起来，就形成了五个方位。在建筑物的任何图形上，往往反映出“天圆地方”的形状。如汉代的宫廷瓦当，纹饰多种多样，鸟兽纹多出现“四神”纹，即青龙、白虎、朱雀、玄武。青龙曲身利爪，飞舞飘摇；白虎凶猛灵活；朱雀凤头鹰喙，姿态勇捷；玄武龟蛇交形，浑然一体。在地名上，国都的南北大道，洛阳城的铜驼街，长安城的朱雀街，南京城的朱雀门，玄武门等都是风水地理思想在地名上的遗存。按照风水地理的思想，朱雀、玄武南北对应“阳来阴受，阴来阳受”。四方的形局加上中央的穴位，又表示天上的五星座。中央的穴位，代表土星，北面玄武、代表水星，南面的朱雀，代表火星，东面的青龙、代表木星，西面的白虎、代表金星。五方用五种颜色来象征。在城市内部，也分成五部，称为“五部兵马司”，依照方位用白、朱、多色、黄、黑来表示。一些主体建筑，也用“五星座”形式来布局，中央是主体建筑，东西南北各有通道，又各连一个建筑物。