1912年教育部公布了大学令，指出：“大学以教授高深学术、养成硕学闳才，应国家需要为宗旨。”1913教育部公布了大学规程。规定大学分文科、理科、法科、商科、医科、农科、工科。原有的经学科没有了。有关儒家思想的研究和传播我们可以在哲学门中的中国哲学类、国文类和中国史类中找到。当时列入课程表的儒家经典有：列入中国哲学类中的《周易》《毛诗》《仪礼》《春秋·公、谷传》《论语》《孟子》。列入国文类有尔雅学等。列入中国史类的有：《尚书》《春秋左传》等。原来将大学毕业后继续深造的机构称为“通儒院”，这时也已经改为“大学院”。学生从高等学校毕业授予相应的学位。 

从上述教育宗旨和课时变化的情况，我们可以看出废除科举之后，儒家的价值观和儒家经典在现代教育体系中越来越找不着自己的位置，最终随着民国建立——儒家制度的合法性的消失而失去了其存在的空间，大学以下的各级学校取消读经课，即使是大学里的有关儒家经典的内容，也已经是作为中国文学和中国历史学的文献，已经完全“非经学化”了，只是作为众多知识中的一部分，只是众多课程中的一门。由此，运行了一千多年以察举、科举等选举制度为依托建立起来的儒家传播体系，也终于因选官制度的废除和新式教育的建立而宣告中断。 

虽然《剑桥中国晚清史》对于废除科举之后的教育内容是否有实际的变化持怀疑态度。[39]他所依据的理由主要是（1）由于难以找到合格的老师，如1909年，在教初等小学的教师中，有84%的人有传统功名，他们难免会按传统的旧课程上课。（2）几乎所有私立学校均由绅士开办。（3）制度中保留了尽量多的旧东西。如学堂毕业授予相应的功名和对于留学生的奖励办法都能明显看待这种连续性。 

我们不能否认这些理由的重要性，例如前面所列举的新学堂的课程设置和课程内容，由于教师和资金的问题在具体的操作中可能出现的变样。同样，我们也必须正视习惯的力量，因为很多人依然是以科举的心态来对待新教育的。这可以从众多的学生钟情于法政科中可以得到证明。[40]而且学校的课程设置也并不能适应社会的需要，以致于社会上更欢迎那些学徒而非学生

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