随着模仿西方的教育制度的建立，从西方传入的科学知识逐渐变成教育的核性内容，并形成了对中国近代思想影响巨大的“惟科学主义”，这使得以儒家为核心的人文知识被日益挤到边缘性的位置。其实，当西学被冠之以“新学”的时候，我们已经隐约能感觉到在新式知识分子那里，儒学已经被视为“旧学”，已经不适应时代的需要，因而难以承担保国保种的任务。[43]而作为新学之代表的科学，已经获得了“无上的尊严”。胡适说：“近三十年来，有一个名词在国内几乎做到了无上尊严的地位，无论懂与不懂的人，无论守旧和维新的人，都不敢公然对他表示轻视或戏侮的态度。那个名词就是‘科学’。这样几乎全国一致的崇信，究竟有无价值，那是另一问题。我们至少可以说，自从中国讲变法维新以来，没有一个自命为新人物的人敢公然毁谤‘科学’的。”[44] 

在这种气氛的影响之下，新学堂所采用的教材基本上都是外国教才的翻译和改编，[45]而当时的教员也请的外国人，主要是日本人。西方的自然科学和人文社会科学知识便是随着这些新的教科书的使用而流传，当然西方的地理概念、男女平等思想、进化论观念、民主观念也随之而深入到新学生的内心世界，而中国本土的知识似乎是无关紧要的。[46]如胡适回忆他小时候的学习生活时说：“二十五六年前，当我在上海做中学生的时代，中学堂的博物，用器画，三角，解析几何，高等代数，往往都是请日本教员来教的。北京，天津，南京，苏州，上海，武昌，成都，广州，各地的官立中学师范的理科工课，甚至于图画手工，都是请日本人教的。外国文与外国地理历史也都是请青年会或圣约翰出身的教员来教的。我记得我们学堂里的西洋历史课本是美国十九世纪前期一个托名‘PeterParley’的《世界通史》，开卷就说上帝七日创造世界，接着就说‘洪水’，卷末有两页说中国，插了半页的图，刻着孔夫子戴着红缨大帽，拖着一条辫子！这是二十五年前的中国学堂的现状。”[47] 

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