自皇太极至康熙帝，清朝治理内外蒙古取得了成功，康熙帝总结说：“朕阅经史，塞外蒙古多与中国抗衡，溯至汉、唐、宋，至明，历代俱被其害，而可宣威蒙古，并令归心，如我朝者，未之有也。”也就是说，在中国历史上，从来没有那一个王朝能像清朝这样成功地安抚蒙古，蒙古人成为清朝打天下的主要盟友。蒙古衙门改为理藩院，蒙古人的作用不能忽视，因此理藩院在清朝国家机关中的地位大大提高。
康熙朝后期，清朝进一步明确了理藩院的官制体统，理藩院的管辖范围也开始涉及其他边疆地区。尽管如此，理藩院在边疆地区的活动范围和作用还是有限的。以蒙古为核心的基本方针没有变化。
乾隆朝，清朝完成对边疆地区的统一后，理藩院的职能发生了重大的变化。这种变化表现在理藩院对边疆地区的管理已经由北方蒙古地区扩展到新疆、西藏、青海等边疆地区，重点是北部、西北部和西南边疆。管理的内容也有扩大，涉及边疆地区的行政建置、社会经济、民族立法、宗教文化，等等。与此同时，理藩院与其他政府机构在边疆地区设置的各个施政部门的关系更加密切，分工更加明确。
17世纪中叶至18世纪初，清朝处理西藏事务，一般是直接派理藩院官员进藏。尽管理藩院参与处理了诸多的西藏事务，西藏地区的事务仍然没有纳入理藩院的管辖范围。18世
纪初，清朝驻藏大臣正式设置后，清朝政府对西藏事务的处理主要通过驻藏大臣实现，由理藩院给以各种协助管理。
理藩院参与管理西藏事务，主要体现在：对西藏地方官员的任免有一定程度的决定作用，负责查核噶布伦、戴本的俸禄和升革；西藏地区领兵将领戴本，地方职事第巴和管束喇嘛的
堪布任命后要由理藩院发给执照，才能正式合法地分管藏事；对西藏地区发生的情况，除驻藏大臣全面掌握外，亦应报告理藩院；
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