从纵向来看，清代理藩院组织严密，职掌分明，为以往中国历代的中央治边机构所无法相比；从横向来看，清朝六部遇事掣肘颇多，无与地方督抚直接联系的权力，而理藩院则在行政上具有相当的独立地位，且对驻边的将军、大臣具有直接指导的权力，因此处理边疆要政，上通下达，事权统一，职责明晰，有迅赴机宜之功。理藩院组织系统和边疆地区的将军、都统、大臣相辅相成，从而确保了清政府对边疆地区的有效管辖和统治。理藩院宏观控制各边疆民族地区的行政机构和地方官员，各民族可以自己选置旗札萨克、伯克等官员，但必须经理藩院认可，领属于理藩院。
关于多种多样的管理体制。清朝在对边疆地区施政，实行的并不是完全一致的管理制度，而是根据各地区和各民族的不同情况，采取了多种多样行政体制，用现代的语言解释，也可
以叫做“一国多制”。
但是，“一国多制”的前提是，清王朝具有在边疆地区设置军政机构统辖该地区的军政事务的绝对权威。
先看蒙古地区。
清朝在喀尔喀蒙古设乌里雅苏台将军、科布多参赞大臣和库伦办事大臣。乌里雅苏台将军又称定边左副将军，是清廷在喀尔喀蒙古地区设立的最高军政建置。乌里雅苏台将军驻扎于喀尔喀蒙古赛音诺颜部境内乌里雅苏台城。
乌里雅苏台将军辖区内的行政区划，分为四部：扎萨克图
汗部、土谢图汗部、车臣汗部、赛音诺颜部以及科布多地区、唐努乌梁海地区。此外，哲布尊丹巴呼图克图驻库伦，清廷设库伦办事大臣统辖。科布多参赞大臣管理科布多地区的旗务、
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