清朝入关以前和入关以后的七八十年间，理藩院一直没有接触过新疆问题，到18世纪中叶，即清朝统一西北边疆之后，清朝指示新疆天山北路的卫拉特蒙古事务要照喀尔喀蒙古和内蒙古蒙古事例办理，理藩院开始管理新疆，而新疆南部的回部地区，则由理藩院设专门机构管辖。

乾隆二十六年(1761)，乾隆帝谕示军机大臣：“理藩院专理蒙古事务，尚可兼办回部。著将理藩院五司内派出一司，专办回部事务”。清朝在南疆设有办事大臣、领队大臣、参赞大臣节制各城，统受伊犁将军管辖，但同时又以理藩院专办回疆地区事务。理藩院管理回疆地区事务，主要内容包括：以札萨克制度管理哈密和吐鲁番；以伯克制度管理回部其他地区；管理回部地区的户口、钱粮及回部地区王公、伯克进京朝觐事宜；负责征收回部地区的田赋和杂税，办理商税。

从康熙朝中叶开始，理藩院为了加强对边疆的治理，对下属机构进行了调整和扩充。至18世纪中叶，理藩院各司机构基本调整完毕，共有旗籍、王会、典属、柔远、徕远、理刑六个清吏司。

理藩院的组织由四部分组成：(1)中枢机构部分；(2)直属机构部分；(3)附属机构部分；(4)派出机构部分。

理藩院在清朝中央各机关中，有与六部平行的重要地位。乾隆帝说：“吏、户、刑三部及理藩院均属紧要”，有关边疆地区的重要事务，都要有理藩院参与办理。理藩院直接听命于清朝皇帝，唯皇帝的意志办事。理藩院大臣的升降赏罚、荣辱安危，也全然取决于皇帝。在中央，理藩院有尚书、侍郎和各司属机构，在边疆民族地区派有专驻官员，在最基层则有笔帖式，从中央到地方，形成一套比较完整的严密体系。

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