明清时期，金门岛已经人口众多，村庄遍布，不仅开发较早的西部、东北部相当繁荣，就连自然条件较差的东南部也有了不少的村落。

顺治末年，海南的土地开发不足万亩，嘉庆二十五年(1820)达301．5万亩，清末约369余万亩。清季废州为县，250年间全岛行政建置基本未变。查清代张雋、邢定纶、赵以谦纂修，郭沫若点校的《崖州志》中的《建置志(乡都)》可以看出，海南的土地开发已经深入岛内的各个角落。

台湾岛的土地开发较晚，而大规模的土地开发更晚。17世纪末叶至18世纪30年代的五六十年间(康熙雍正年间)，是移民开垦的极盛时期。广阔而肥沃的北部平原和南部下淡水溪流域大部分已经开发；18世纪40年代至18世纪末叶(乾隆年间)，土地开发逐渐扩展到丘陵地带或肥力较差、交通不便的地区；18世纪末叶以降(嘉庆以后)所开拓的，主要是东部噶玛兰平原、花莲港流域和中部埔里社盆地等土著地区。剩下的只有极南的郎峤和东部的山后一带，主要是由于清政府的封禁而未开发。台湾的耕地面积，顺治十三年(1656，荷据时期)约9．2万余亩；清收复台湾之初，约20万亩；到19世纪末，全台耕地面积已达到850余万亩，250年间激增90余倍。

明清时期，海岛的农业开发虽然受朝廷政策和自然条件的限制，海岛农业开发的速度不是太快，但随着大量移民的迁入和在海上贸易的拉动下，中国东南近海岛屿得到较大规模的开发。

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