顺治二年四月，大学士刚林奏称：“今六部系二品，银印；通政使司、詹事府系三品，翰林院系五品，俱铜印，”[26]据此可知翰林院之品级已于此前由元年十一月定的三品降为五品。同月，又从刚林请，规定“凡翰林官，仍循旧制由内院补授”[27]；“闰六月，裁翰林院以归内三院”[28]，三院结衔，于内字下各加翰林二字，分别改称内翰林国史院、内翰林秘书院、内翰林弘文院。[29]

顺治十五年七月，裁内三院改置内阁，复设翰林院，仍置掌院（印）学士一员，秩正五品，兼三品礼部侍郎衔。除掌印外，其余学士亦正五品，不兼衔。[30]此次复设，在元年规制的基础上，增置满洲掌院学士一人，汉员侍读学士、侍讲学士各二人，侍读、侍讲各一人，满员孔目一人，待诏六人（满员四人，汉员二人）。[31]同时，对于翰林院的职掌，也作了明确而具体地规定：经筵日讲、撰拟讲章；外国奏书，令四译馆官翻译；考选庶吉士；开列教习庶吉士职名，送内阁具题；纂修、翻译各项书史；开列纂修职名送内阁具题；凡会试、乡试及武会试主考，开列职名送该部具题；撰拟封赠诰敕，开列翰林官职名送内阁具题；题补翰林官员及差遣、俸满、丁忧、给假等项，行文各部；以及侍直、侍班、扈从、贴黄、修《玉牒》、捧敕书、教内书堂、上陵、分献、册封、赍诏等，[32]大体上沿袭了明代翰林院之旧制。

顺治十八年，裁内阁、翰林院，复设内三院，又恢复了顺治二年时的三院旧制。康熙九年八月，圣祖复“命改内三院为内阁，其大学士、学士官衔，及设立翰林院衙门等官，俱著察顺治十五年例议奏，”[33]并增置满洲侍读、侍讲学士各三人。[34]至此，清代翰林院之设始为定制。

从顺治元年初设到康熙九年最终确立的近三十年间，翰林院与内三院是时分时合，互相关联，以二者关系之近密非同寻常，故对同期内三院的沿革情况亦须略作探讨。

顺治元年，内三院“置满汉大学士，不备官，兼各部尚书衔。学士，满洲、汉军各三人，汉学士

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