曹等人认为存在鼠疫的依据仅仅是雷丰《时疫论》中一段话，殊难说明问题，且涉及地区为不在江南范围之内的衢州一地。在江南地区，笔者尚未发现有鼠疫流行的证据。除了鼠疫，斑疹伤寒的可能性也较小，因为斑疹伤寒主要通过身体中的虱子传染，常见于气候寒冷的冬春季[21] 。而从上面资料中很容易发现，这次瘟疫大多发生在炎热的夏季。而夏季的江南，人们常常可以泡在水中避暑，身上长虱子可能性极小。不过在军人中，因为战事频繁，出现一定范围的流行，也非绝对不可能。至于真霍乱、疟疾和痢疾，都应是存在的。不过，此外，至少还包括天花、类霍乱等烈性传染病，伤寒和百日咳等疾病也可能存在。 

在以上疫病中，霍乱最为抢眼，记载也多。比如，咸丰十年九月，秀水和桐乡交界的濮院镇，“自此月初六雨后，天涔涔雨，阴惨之气逼人，瘟疫大作，死者日以五六十人，而染者都是寒疾之状，多则二日，少则一周时许，亦有半日即死者。”[22] 同治元年六月苏州“贼禁食西瓜。夏秋之交，大瘟疫。忠酋书记某食西瓜后染瘟疫死，故禁食之。”[23] 虽然未能获得具体症状，不过从食西瓜而染疫死者这一记载看，是霍乱的可能性极大[24] 。稍后，在南京的清军军营中，“疾疫大行，兄病而弟染，朝笑而夕僵，十幕而五不常爨。一夫暴毙，数人送葬，比其反而半殕于途。”[25] 疫情如此暴烈，若不是有意夸张的话，亦当是霍乱。根据以上所述和上录资料，基本可以认定是霍乱的县份有：咸丰十年和十一年的嘉兴府的濮院镇，同治元年的嘉兴、秀水、上海、长洲、元和、吴县、吴江、嘉定和南京，常熟则间有之，同治二年的海宁、常熟，同治三年的上海。另外发生在孝丰、临安和昌化等地的瘟疫也有较大可能是霍乱。对这一地区的疫情，现有的记载较为简略，还难以确定地判断其为何种疫

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