疟疾，谢高潮在前揭论文中已经论及，不过他所举的均为军营中的例子，其实在地方上，也多有流行。比如，常熟龚又村在《自怡日记》中记载，八月十八日，祐儿“感冒”，二十日，“连患寒热，似有疟象。”廿二日，“祐儿痁作旋汗，傍晚已平。”[28] 似为间日疟。而他本人，八月十六日，“因寒而热，得汗而解”，十八日，“予热又作，饮薄荷汤葛粉，至夕汗出而轻”，二十日，“予仍热”，廿二日，“至午得汗而热解”，也象是间日疟的症状[29] 。不过疟疾应该不像谢所说的那样是一种传染性很强、死亡率很高的传染病[30] ，相反，除非是较少见的恶性疟，死亡率较低，像上面提到的两人，虽然疾病延续较长，但均无生命危险。痢疾是清代江南夏秋常见的疫病，在战争年代，势必会更加严重，在这次大疫中，有关的记载不时出现，比如同治元年，松江，“自七八月以来，城中时疫之外，兼以痢疾，十死八九。十室之中，仅一二家得免，甚至有一家连丧三四口者。”[31] 又如，同治二年六月，常熟某地十九至廿三日，“疫气大作，病者只半日不治”。而不知姓名的作者则于十四日起，患痢疾，至廿四日稍止[32] 。 

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