书院是唐、宋时期出现的一种新的教育形式，是中国古代教育深刻变革的产物。它以自主创办、自由讲学为主要特征，强调学术的传承和发展。但到清代以后，由于文化专制政策的加强，书院生动活泼，讲学论理的传统基本被窒息，日趋走向官学化、科举化，特别自“乾、嘉以来，书院所课者不外四书文、试帖诗，兼及经文、律赋、策论之类，终不敌八股文之重视。因此士半空疏，为识者所诟病。”[1]

咸同时期，因连年战乱，本已衰颓的书院又遭到了致命一击。首先，大批书院在战火中被破坏、焚毁，如贵州遵义启秀书院，“咸丰中，杨逆为灾，书院并书籍付之一炬。” ^[2]扬州安定、梅花两书院，“咸丰三年，夷为平地。”[3]湖南岳麓书院，“咸丰二年粤寇犯长沙，斋舍倾圮”，“城南书院，在府城南门外，咸丰二年寇犯长沙，堂室斋舍毁坏。”[4]咸丰十年（1860），太平军攻打杭州，浙江书院毁坏者不下50余所，有名的杭州诂经精舍也“鞠为邱墟。”[5] “总计咸丰年间，合新建和修复前代书院，不过130余所；而将广西、两湖、江、浙、皖、赣、云、贵九省毁废书院合计，已不下300余所。”[6]

其次，书院经费被挪作军饷，导致书院课业不能维持，遂至荒废。如寿县寿阳书院，“咸丰中提书院经费作军需，遂至中废。”全椒襄水书院，“咸丰四年，公提经费募勇，书院遂废。”泗州夏邱书院，“咸丰初，洪杨兵起，书院公款尽数提出募勇，院宇倾圮。”山东费县崇文书院，“咸丰七年土匪之乱，军需支绌，知县赵惟峄将书院存款提用无余。”

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