，李鸿章称“皖省重建书院，程尚斋等广劝捐资，弟已助五百金。”[11]同治三年（1864），丁日昌在上海倡建龙门书院，自己捐银一千两作为经费。同治十三年（1874），四川绅民呈请总督吴棠于省城新建尊经书院，“所有一切经费，议由合省绅粮公捐分属措筹，尚属众擎易举。”[12]
置学田。明清以来，官府拨置田亩、山地以充师生膏火，被称为“学产田”，是书院经费的重要来源之一。太平天国战乱期间，许多书院田产荒废，地方督抚只得再行置田。如苏州紫阳、正谊书院旧有经费兵燹以后大半失没，即由历任抚臣随时筹款，置田征租，发商生息，充作师生膏火之用而使书院得以恢复发展。
在清廷谕令和各省督抚努力下，同治时期许多书院重新修复，并有大量新书院相继创设。据学者统计，同治十三年期间，全国共新建书院366所。[13]大批书院的恢复和新建，对重振士气人心，恢复社会秩序意义重大。
除此以外，针对书院教育的弊病，清统治者也制定相应的措施，对书院进行改革。
首先，引导书院以崇尚实学，储材致用为指归，纠正以八股举业为重的积弊。
同治元年（1862），清统治者批评翰林院庶吉士不事实学，专攻诗赋，无裨实用，下令整顿翰林院：“自明年癸
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