约自9世纪，蒙古族开始登上历史舞台，纵横于“三北”万里草原，在清以前，几代王朝在强大的蒙古族面前，几乎无能为力。经明之世，蒙古与之周旋了200多年，和战交替进行，始终没能解决蒙古问题。清朝却从根本上消除了蒙古与它的矛盾斗争。一方面，清朝给予蒙古种种特殊的政策，待遇优越，又实行满蒙联姻，双方关系亲上加亲。其行政管理，清实行盟旗制：以部落为旗，若干旗结为一盟。共设49旗七盟。在严密的组织下，以法治理，即每旗各有游牧的疆界，不得私越，更不准侵夺，否则，即以法处理。一个在广阔草原横行多少个世纪而漂悍的民族，却被清朝给驯服了，从此，安定下来，不再为患北方，成为清朝的一支可靠的*与军事力量。
正如人们已知，在解决西北地区的统一以后，清朝在伊犁设伊犁将军，管理新疆地区，其下分设都统、副都统、参赞大臣、领队大臣、管理大臣、总管等，分驻各中心城镇。在南疆的回部地区，废除其父子世袭的体制，只用其旧名，如阿奇木伯克（总管）、伊沙噶伯克（协理）等，改由皇帝任命。他们在地方，又统于伊犁将军管辖。
清朝采取独特的方式管理西藏。雍正初年，创设驻藏大臣，乾隆晚年，改革西藏行政管理体制：提升驻藏大臣的*地位与权力，与达赖平列，直接参与西藏军政大事，地方财政，亦由驻藏大臣综核。总之，“一切事权俱归驻藏大臣管理”[36]。更重要的一项制度的设立，这就是著名的“金奔巴瓶”抽签选灵童之法，由驻藏大臣会同达赖等当众抽签决定未来的活佛。此制原由达赖与班禅的亲族垄断，实行新制后，此一大权亦被驻藏大臣所控制。清朝在这里行使了国家主权，从而与清朝完全结为一体。[37]
在青海推行盟旗制度，按漠南蒙古编旗设盟的方式，将当地部落编为佐领。另编和硕特21旗、绰罗斯2旗、土尔扈特4旗、辉特1旗、喀尔喀1旗，共29旗，不属青海，规定各守份地，不许强占[38]。
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