理藩院的职能，随着清王朝对边疆地区的统一而逐步加大。顺治年间主要是管理漠南蒙古，也兼顾漠北蒙古和漠西蒙古事务。康熙年间正式管理喀尔喀蒙古部、厄鲁特蒙古部和西藏地区事务。乾隆中叶开始管理新疆回部及大小金川诸事。此外，理藩院还一直负责处理对俄外交事务。理藩院管理边疆地区民族事务有如下几项：参与议政；参与军事，审理刑事诉讼案件；管理喇嘛教事务；赈济灾荒；办理蒙满联姻事务；管理会盟、驿站、稽察蒙古地区户丁；管理边疆地区各民族王公朝觐（年班、围班）、贡物、燕赉、廪饩、封爵和俸禄、管理各旗疆界，调解各部纠纷。理藩院各司的管理地区也有重点，漠南蒙古事务多由旗籍司、王会司所属系统办理；漠北喀尔喀蒙古和青海、西藏地区事务多由柔远司、典属司所属系统办理；新疆回部、四川土司事务，由徕远司所属系统办理；各地区有关刑事诉讼案件，则由理刑司所属系统办理。

    礼部初设于天聪五年（1631年），顺治朝规定由礼部主客司“掌宾礼，凡蕃使朝贡，馆饩赐予，辨其贡道远迩、贡使多寡、贡物丰约以定。颁实录、玉牒告成褒赏”[17] 。

    清王朝在边疆地区设置军政机构统辖该地区的军政事务。

    新疆设伊犁将军，在伊犁将军下设都统、参赞大臣、办事大臣、领队大臣等官分别管辖伊犁、乌鲁木齐、塔尔巴哈台、喀什噶尔等地区。在伊犁辖区有伊犁将军驻伊犁惠远城。伊犁将军下的参赞大臣和领队大臣与将军同住伊犁。参赞大臣赞理伊犁军务，领队大臣分管各城各营事务。乌鲁木齐辖区有乌鲁木齐都统驻乌鲁木齐巩宁城，管理乌鲁木齐及周围诸城，各城设有领队大臣任事。塔尔巴哈台辖区有塔尔巴哈台参赞大臣驻扎，参赞大臣下辖协办领队大臣和专理游牧领队大臣。喀什噶尔辖区有喀什噶尔参赞大臣驻扎管理，总辖喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙

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