西藏地区设置驻藏大臣。驻藏大臣督办藏内事务，与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等，共同协商处理政务。西藏地方官员，除噶伦和代本须呈报清朝皇帝任命外，其余人员可由驻藏大臣和达赖喇嘛委任。驻藏大臣统管西藏地区军事防御，定期巡边、操练，负责西藏地方司法、财政、边界贸易及与周边邻国、部族的外事活动，驻藏大臣负责达赖、班禅及各大寺庙呼图克图灵童转世的金瓶掣签活动并确认转世活佛。

    清廷在台湾设立一府三县，即台湾府，台湾府下有台湾县、诸罗县、和凤山县。在海南岛置琼州府，琼州府领州一、县七。

    乾隆说：“吏、户、刑三部及理藩院均属紧要”[18]，由此可见，理藩院在清朝中央各机构中有与六部平行的重要地位。理藩院直接听命于清朝皇帝，唯皇帝的意志办事。理藩院大臣的升降赏罚、荣辱安危，也全然取决于皇帝。在中央，理藩院有尚书、侍郎和各司属机构，在边疆民族地区派有专驻官员，在最基层则有笔帖式，从中央到地方，形成一套比较完整的严密体系。从纵向来看，清代理藩院组织严密，职掌分明，为以往中国历代的中央治边机构所无法相比；从横向来看，清朝六部遇事挚肘颇多，无与地方督抚直接联系的权利，而理藩院则在行政上具有相当的独立地位，且对驻边的将军、大臣具有直接指导的权利，因此处理边疆要政，上通下达，事权统一，职责明晰，有迅赴机宜之功。理藩院组织系统和边疆地区的将军、都统、大臣相辅相成，从而确保了清政府对边疆地区的有效管辖和统治。理藩院宏观控制各边疆民族地区的行政机构和地方官员，各民族可以自己选置旗扎萨克、伯克等官员，但必须经理藩院认可，领属于理藩院[19] 。

    二、清代边疆政策的最终目的，是维护清王

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