东晋大司马桓温自以为才干威望盖世，无人能及，常慨叹“男子汉不能流芳百世，亦当遗臭万年。”他三次北伐，欲建功业以提高政治威望，然而第三次北伐枋头大败，使其声望大跌。参军郗超建议他废帝以重立威权。于是，二人在太后面前诬陷晋帝有暗疾，3个儿子不是亲生，将混乱司马氏血统。太后同意废立。东晋太和六年（371）十一月，大司马桓温废晋帝司马奕为东海王，改立丞相、会稽王司立昱为帝，是为简文帝。桓温改立新帝后，继而将矛头转向一些与其不合的皇族及朝臣，将殷、庚两大强族的势力消除殆尽。咸安二年（372）六月，简文帝去世。桓温原本指望简文帝司马昱禅位于他，或居摄朝政，但二者均未如其愿。桓温于是拒绝入朝，直至宁康元年（373）二月才到建康朝见孝武帝，并带兵入朝。一时建康人心慌乱。由于侍中王坦之、吏部尚书谢安应付自如，桓温才没有发难。晋朝得以安宁。三月，桓温退回姑孰。七月，桓温在姑孰病死，终年61岁。
秉笔直书《晋阳秋》
东晋太和年间，频繁的劳役、疾病和战争，使百姓死亡十之四五，引起百姓的怨愤。369年12月，秘书监孙盛写成《晋春秋》（后避讳改为《晋阳秋》，直书时事，谴责当权者，并直书桓温北伐失利之事。桓温见后大怒，对孙盛的儿子说，北伐前燕，确有失利，但还不至于如孙盛所说的那样严重，如果不加修改而让其流行，当心孙家的命运。孙盛之孙遂请求桓温谅解，并答应立即改正。诸子哭泣叩头，请求孙盛为孙家百口命运，改写《晋阳秋》。孙盛大怒，坚决不允许，诸子只得私下将书修改后交付出去。然而，孙盛当初已另写副本，流传他国。晋孝武帝即位后征求天下异书，从辽东（郡名，治襄平，今辽宁辽阳）人手中获得副本。该本与东晋流行本不同。于是，两种版本都保存下来。
北方坞壁庄园广泛出现
从曹魏末年到西晋，土地兼并现象日益严重；大地主庄园越来越多，越来越大。到了十六国大乱的混战年代里，中原土族及百姓纷纷南迁，留在北方的世族豪强地主为了抵御胡族的铁骑的侵犯，往往聚族合宗而居，筑成很多坞壁，割据方里。族中地位最高、能力最强的人被推举为宗主，统领整个宗族。在庄园中聚居的人多则四五千家，少则上千家。这些人多是受荫庇的部曲、佃客。坞壁庄园的经济则是典型的封建性质的自给自足的自然经济，庄园几乎能供应自己所需的一切生活必需品。坞壁庄园是一种融政治、军事、经济力量于一身的强大实体。庄园内有自己的军事武装，以保护自己的田庄。武装起来的佃客就是部曲，他们接受一定的军事训练，战时参战，战争一结束，部曲就和其他的佃客一起从事生产。庄园主往往带领自己的部曲投奔某一政治力量，以参与政事。由于北方坞壁庄园有如此雄厚的政治和军事力量，因此能在动荡的政局下站稳脚跟，为各代政权所依靠和利用。
