三十六岁以后，蔡元培看到清朝已不可救药，决意参加革命，他在上海一边办学、办报、办刊物，一边以翰林的身份学习造炸弹、参加暗杀团。由于蔡元培在革命党人中的威望，他先后被推为第一任光复会会长、同盟会上海主盟人。辛亥革命之后，他成为中华民国第一任教育总长。

1917年1月4日，蔡元培就任北京大学校长，也拉开了他人生最辉煌的序幕。这一项中国几千年政治史上极其普通的任命，同时是中国文化史、中国教育史和中国思想史上最伟大的一个举动，它牵动了中国有史以来最大的社会变革的脚步。蔡元培发表了一篇著名的就职演讲:“大学是研究高深学问的地方，学生进入大学不应仍抱科举时代思想，以大学为取得官吏资格之机关。应当以研究学术为天责，不当以大学为升官发财之阶梯。必须抱定为求学而来之正大宗旨，才能步入正轨。诸君为大学生，地位甚高，肩负重任，责无旁贷，故诸君不惟思所以感己，更必有以励人。苟德之不修，学之不讲，同乎流俗，合乎污世，己且为人轻辱，更何足以感人。”

他要把北大办成了学术自由的摇篮、百花齐放的园地。他提出了自己的办学方针，就是有名的八个字:兼容并包，思想自由。蔡元培对北大的整顿是从文科入手的。第一步是请人，他聘请了像陈独秀、李大钊、刘半农、胡适、周作人、王世杰等一大批新学方面的要角(在自然科学方面也请了李四光、翁文灏等科学家)；同时又保留或聘请了一批在学术上有很高造诣，但在政治上非常保守，甚至主张君主制的学者，像辜鸿铭、刘师培、黄侃、钱玄同这些人。

于是，北大校园里有保守派、有维新派亦有激进派，诸子百家、三教九流汇聚一堂，“背后拖着长辫，心里眷恋帝制的老先生与思想激进的新人物并坐讨论，同席笑谈，都同样有机会争一日之短长”。在蔡元培看来，这才是真正的大学，是“囊括大典，网罗众家”的学府。

说起北大的学术自由，张竞生应当是个很有说服力的例子。此人早在二十世纪二十年代就大力倡导节制生育(类似于今日的计划生育)，但因“不合国情”而未获重视。不过他在北大讲授西方现代爱情、生育、性育以及有关的社会学说，倒是颇受胡适、鲁迅、周作人等人的称赞。在北大哲学系，他一连任教五年(1921—1926)，他的讲义《美的人生观》、《美的社会组织法》相继出版，周作人对《美的人生观》评价相当高:“张竞生的著作上所最可佩服的是他的大胆，在中国这病理的道学社会里高揭美的衣食住以至娱乐的旗帜，大声叱咤，这是何等痛快的事。……总之，张先生这部书很值得一读，里边含有不少好的意思，文章上又时时看出著者诗人的天分……”

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