经济──传统经济论相对立的理论，它承认鸦片战争前的明清社会仍是封建社会，处在出现互解征兆，发展与停滞并存，"死的抓住活的"的晚期阶段的封建社会。资本主义萌芽尽管只是稀疏的存在，有的夭折，有的中断，有的则和近代中国资本主义有继承的关系，这反映了明清社会前进的方向，"如果没有外国资本主义的影响，中国也将缓慢地发展到资本主义社会"[1]。明清时代存在发达的商品经济，明清东南区域经济变迁属于"传统内变迁"，这是大家可以接受的。问题是，明清社会没有通过自身的内部变革走上资本主义的道路，而商品经济的高度发展并不必然导向资本主义已为许多国家的历史所证明，马克思本人也没有把西欧资本主义起源的历史概述当作一般发展道路[2]，那么，用资本主义萌芽概括明清东南区域经济变迁的特点，是否妥切？不能不引起人们的反思。有的依据马克思《资本主义生产以前各形态》等著作，从理论上否定中国资本主义萌芽存在的可能[3]，有的借助西方学术界提出的某些理论框架，寻找或探求取代资本主义萌芽论的新模式[4]。
尽管从学术理论、研究方法到史实的诠释都还存在许多争议，还没有形成得到学术界普遍公认的解释模式，但八十年代以来，围绕明清社会经济变迁而展开的多视角的研究，正扎扎实实地推进这一领域研究的深化。在这一大背景下，明清东南经济变迁的研究也走上一个新阶段。以长江三角洲、杭嘉湖和福建等沿海地区为重点的区域经济研究，主导着新一波的研究方向。
厦门大学的明清社会经济史研究，是在傅衣凌教授"必须把中国资本主义萌芽和中国封建社会长期迟滞的现象一起研究"[5]的学术思想指导下展开的。八十年代以来，循着学术潮流的发展，研究课题也作了重要的调整，以专史研究和区域史研究为重点，社会史与经济史相结合的特色更为凸显了。通过博士研究生的培养，一批新人的投入，不仅壮大了学术队伍，也注入了新的活力。出版的学术著作，有傅衣凌著《明清社会经济史论文集》(1982)、《明清社会经济变迁论》(1989)、《傅衣凌治史五十年文编》(1989)、《明清封建土地所有制论纲》(1992)；傅衣凌、杨国桢主编《明清福建社会与乡村经济》(1987)，傅衣凌主编《中国通史参考资料（古代部分）》第七册(1988)，傅衣凌主编、杨国桢、陈支平著《明史新编》(1993)；杨国桢著《明清土地契约文书研究》(1988)，杨国桢、陈支平著《明清时代福建的土堡》(1993)；陈支平著《清代赋役制度演变新探》(1988)、《近500年来福建家族社会与文化》(1990)；郑振满著《明清福建家族组织与社会变迁》(1992)；和外单位合作撰著的有《清代全史》第五卷(1991)、《中国十大商帮》(1993)等。完成的博士学位论文，有刘敏（秀生）的《清代商品经济与商业资本》(1985)、李伯重的《明清江南工农业生产力六论》(1985)、陈支平的《清初赋役财政制度演变论丛》(1987)、陈春声的《市场机制与社会变迁：十八世纪广东米价分析》(1989)、郑振满的《明清福建家族组织与社会变迁(1989)、李长弓的《明代驿传役研究》(1991)、张和平的《文化的夯实：对晚明反传统现象的再认识》(1991)、郭润涛的《清代地方行政幕府研究》(1991)、曾玲的《明清福建手工业经济研究》(1991)、周翔鹤的《清代台湾农村经济的计量研究》(1991)、罗一星的《珠江三角洲传统工商城市的发展形态──明清佛山的经济发展与社会变迁》(1992)、刘正刚的《清代四川的闽粤移民研究》(1993)、刘淼的《明清沿海荡地开发研究》(1993)、王日根的《明清会馆史研究》(1994)。我们还以群体的力量，进行福建社会经济史和福建、台湾社会文化比较研究的计划，前者是国家"六五"、"七五"社会科学研究的重点项目，后者是与美国斯坦福大学、台湾中研院民族学研究所的合作项目。
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