位和国有企业主管主办的用于指导工作、面向本系统发行的报刊，《实施办法》规定，一律改为内部资料性出版物，仅限于在本部门本系统内部交流，不得征订发行，不得刊登广告，不得拉赞助和开展经营性活动。
《实施办法》强调，对于不适用上述改革办法的报刊编辑部予以停办，对违法违规出版情节严重的报刊编辑部予以撤销。对停办和撤销的报刊编辑部，由新闻出版总署注销其报刊出版许可证。
此外，对于极少数有符合国家规定的主管主办单位、有符合国家规定资格条件的专职采编人员、有固定办公场所、有法定资金来源，全国发行量较大，经营状况良好，能够承担法律规定的责任和义务，具备转为报刊出版企业条件的报刊编辑部，《实施办法》要求，经新闻出版总署批准，可转为报刊出版企业。
基于科技期刊和学术期刊编辑部的特殊性，《实施办法》指出，这些编辑部的转企改制，要根据科技期刊和学术期刊的实际，本着突出重点、打造品牌、整合资源、加强保障的原则实施。
《实施办法》规定，原则上不再保留科技期刊和学术期刊编辑部体制。现有科技期刊和学术期刊编辑部均并入新闻出版传媒企业；对其中具备建立报刊出版企业条件的，经新闻出版总署批准，可转为期刊出版企业。主管主办多种科技期刊和学术期
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