由于太平天国运动和基督教会的特殊关系，因此它对清政府的教会政策也产生了重大影响。这种影响可以1861年的辛酉政变为界，至少可分为前后两种。 

（一） 

第一种：1861年辛酉政变以前，清政府因太平天国运动而增加了对教会的猜疑和防范，政教关系更加紧张。 

19世纪50年代，清政府对教会的政策是有限弛禁，这种有限弛禁政策的依据是1844年和1846年被迫发出的两道弛禁上谕。实际上，清政府此时对教会的态度仍是非常猜疑和反感的，总以为它“欲诱我愚民，援入彼教，其居心大不可问”（注：《筹办夷务始末》（咸丰朝，第一册），中华书局1979年版，第32页。）。清政府视太平天国为其心腹之患，知道太平天国信仰上帝，因此愈发加强了对其他信仰上帝的基督教徒的猜疑和防范，以预防这些教徒和太平天国勾结起来，晚清政教关系因此变得更加紧张。如：1853年4月22日，王朝柱密告钦天监中的贾洵等人暗习天主教，并且“闻逆匪胜举，欣欣然有喜色，闻逆匪败，于伊心有戚戚焉”。清政府对王朝柱的报告引起了警觉，当天就谕令载铨“严密确查该员贾洵等是否习教，并有别项可疑情节”。经调查后，载铨确认贾洵等人并无如王朝柱告密所言的那些“从逆”案情，因此只查处了他们暗地奉习天主教之事（注：朱金甫主编：《清末

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