会公开决裂的重要原因。而香港、澳门、越南、新加坡等地的同盟会分会都是孙中山1905、1906年短暂赴欧时在冯自由等人帮助下由兴中会改组而来，或由当地华侨组织转化而来，与东京革命党人少有联系。同盟会纲领也如其名称一样，只是在形式上统一了革命目标，而未能成为大多数人的一致理想。同盟会内部真正形成统一意志的只有“反满革命”和“创立民国”。孙中山所坚持的“三民主义”虽然志存高远，但是曲高和寡，难以起到固结人心的作用。以后新分出的革命团体，无论光复会、共进会还是同盟会中部总会，其宗旨中都取消了“民生主义”的内容。
孙中山个人权力过于集中，也容易造成与同盟会“三权分立”、“民主议事”的*体制发生冲突。他与黄兴之间关于国旗图式的争执即是如此。孙中山坚持用兴中会的青天白日旗作未来中华民国的国旗，黄兴等持异议，孙中山即说：“仆在南洋，托命于是旗者数万人。欲毁之，先摈仆可也。”黄兴认为孙中山做事近于“专制跋扈”，遂生退出同盟会之想[9](p.718)。此事孙中山是站在“大同盟”立场，着眼于团结南洋数万人；黄兴则站在同盟会“民主议事”原则的立场，不满于孙中山的行事专断。再如孙中山离日前接受日方赠款以充实革命经费，但未与其他党人详商，结果引起猜忌，章太炎认为孙中山受日方贿赂而一去不返，为以后孙、章决裂埋下祸根；谭人凤亦认为：“东京为全国志士萃荟之区，《民报》又为同志总机关，最重要之处所。中山身为总理，橐贮多金，仅以五百金予之，以后遂听其自生自灭，异哉！”此事同样是孙中山只从革命整体运筹考虑，而未顾及同盟会本部和其他党人的意见，因而引起不满。这些纠纷虽经调停解释，表面得以曲全，“惟同志之精神，则由此稍形涣散矣”[10](p.343)。
孙中山离开日本后新建的革命团体与东京“本部”更少联系，双方实际处于各自为政状态。至1908年秋，南洋各地陆续建成同盟会分会及通信处“百数十埠”，统归南洋支部管辖，另订《中国同盟会分会总章》，重新规定了选举、经费、发展成员、记功办法及组织形式等事宜。南洋支部与东京“本部”实际已无隶属关系。1907年6月和1909年9、10月间，陶成章、章太炎先后两次发动“倒孙风潮”，要求“开除孙文总理之名”，废除南洋支部章程，使南洋各分会直属东京总部。而孙中山对东京“本部”也深感失望，甚至对张继说：“弟已不承认为彼等之总理者久矣”；“南洋之组织与东京同盟会不为同物”；“前去两年，两广、云南之起兵，皆奉革命党本部之名义，并未一用同盟会名义也”[4]（《复张继函》，p.426）。“倒孙风潮”的结果是两派矛盾日深，“从外人观之，吾党已成内乱之势”[4]（《致王子匡函》，p.418）。蔡元培对此感叹道：
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