清代云南的农业有很大发展，纳粮水平也大幅度提高，这从常平仓岁储粮数可以看出。乾隆十三年（1748年），清廷定各省常平仓岁储粮数额，云南为70万石，贵州50万石；三十一年各省报告存粮数，云南和贵州均为80余万石。值得注意的，是清朝在云南不仅努力发展农业生产，而且治农主要的目的是为了征收农业税，这一点与以前一些朝代有所不同。有关记载如：在鄂尔泰总督云南之初，曲靖知府杨馝提出：“滇富民多隐田，通以丈量，升粮可倍”，建议丈田以增税。粮道张允随则言：云南地少田瘠，“以百姓之穷，莫穷于滇，土地之瘠，莫瘠于滇，徭役之重，莫重于滇。”在张允随的极力反对下，“通丈云南汉夷田地”以增税的议论乃止。雍正七年，赵州知州徐树闳报告说当地发现二泉，可引水成田征收田赋。经朝廷派官吏勘验，回称水弱不足以灌溉，“引水成田升科裕赋之说” 方被驳回。[16] 

改土归流是清代的一件大事。清廷进行改土归流的主要目的，是为了清除不利于边疆统治及増加赋税收入的障碍。雍正四年（1726年），云南巡抚鄂尔泰对此言之甚明，其建言改流疏云：“云贵大患，无如苗蛮，欲安民必先制夷，欲制夷必改土归流”；无人敢入土目盘据之地，如东川一带“文武长寓省城，膏腴四百里无人敢垦”；云贵川桂４省相连地带土司势力猖獗，有事诸省相互推诿，治理不易深入；滇南澜沧江内外诸夷“无事近患腹心，有事远通外国，”由元迄明“代为边害”。鄂尔泰认为若改流得法，“必能所向奏效，实云贵边防百世之利。” [17] 另外，鄂尔泰在《改土归流疏》中开宗明义说：“为剪除夷官，清查田土，以増赋税，以靖地方事”。疏中又言：“若不改土归流，将富强横暴者渐次擒拿，懦弱昏庸者渐次改置，纵使田赋兵刑，尽心料理，大端终无就绪”。 

在鄂尔泰看来，改土归流与“以増赋税、以靖地方”是紧密相连的。清廷虽规定对土司“额以赋役”，而事实上土司纳赋于国家甚少，而取于土民甚巨。鄂尔泰曾举镇沅土府纳赋的情况为例，言土司搜括的大量所得，“输之仓府者十不及一二，百不及二三”，而少数民族地区毕竟以土司管辖占多数，因此严重地影响了朝廷对农业的税收。鄂尔泰指出改土归流于边地粮饷“亦不无小补”，雍正则批云：“岂

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