到了第十六世纪，一些自称为是穆罕默德圣人后裔的和卓们（和卓原为圣人后代的意思，后来执政的人常在自己的名字前边或后边加上和卓，以示尊贵。）开始在新疆起很大的作用。在新疆建立和卓统治基础的人是由布哈尔来的买合苏木艾宰木（一五四二年故去），他的长子依禅卡兰创设了叫“白山派”（戴白帽）的教团，次子伊萨克外里创设了叫“黑山派”（戴黑帽）的教团，两派都是伊斯兰教中的苏菲派（神秘主义——禁欲主义的流派）。两派的派系斗争发展到公开争夺政权，企图建立为自己一派所掌握的政教合一的*制度，从而造成了许多的流血斗争。白山派为了取得对自己的援助，后来便投靠了外国，特别是英国殖民主义，而黑山派则基本上依靠了清朝政府。他们利用群众对宗教的虔诚信仰，制造了长期的互相屠杀的局面，一直延续到一九一八年库车的买买提里汗和卓（曾加入英国国籍）掀起的暴动被扑灭后才基本结束了（这里指的是由和卓们直接制造的屠杀局面的基本结束，以后在新疆发生的事件已不再同和卓们有什么直接的关系。）。

（一）阿古柏入侵前新疆的一般情况 

在十六世纪以后，和卓们逐渐都变成了大地主，并对自己仅仅作了宗教上的首领感到不满足，于是就为争夺*权力而开始活动起来。当元太祖次子察哈台的后裔阿不都拉汗的儿子司马益任莎车汗王期间（一六七一

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