清中央政府为了加强对西藏地方的管理，乾隆五十八年（1793）颁布了著名的《钦定西藏章程》，明确规定：驻藏大臣“督办藏内事务”，地位和达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等。凡噶伦以及下属各僧俗官员，都属驻藏大臣管辖，其任命权由驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选后奏请补放，另外如审查时财政收支、春秋巡视国境、设立关卡，主持对外交涉等等，亦都由驻藏大臣经管。清朝政府还建立金本巴瓶制度，规定达赖、班禅和前后藏各大呼图克图（活佛）灵童转世的“金瓶掣签”的仪式，要驻藏大臣亲临监视，然后呈清廷批准，才算有效。达赖、班禅的坐床典礼，也由驻藏大臣主持。

5．土司地区

土司制度是利用原部落的统治基础，任命其头领为朝廷官员，并可世代承袭、世守土地、人户，即所谓“修其教不易其俗，齐其政不易其宜”[3]的统治方式。土司制度相传始于元，盛于明。清军进驻西南等省，承认和维持了此种做法。但土司制度毕竟具有浓厚的割据性，不利于朝廷政令的贯彻，同时随着各民族经济文化交流的日趋紧密，因土司各自为政所造成的有形无形的阻碍也愈加明显了。所以从明代开始，已出现朝廷废除土司，改为州县以实行流官统治的做法。到了清代，特别是雍正年间，在今滇、黔、桂、湘、鄂、川等省，更大规模地开展改土归流活动。到乾隆时候止，很大一部分土司被废，改为流官。尽管如此，还有相当多的土司被保留了下来。它们大体分布于云南、贵州、四川、广西、甘肃和青海、西藏等省区。

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