纪泽任帮办。并责成李鸿章“专司其事”。海军衙门的设立，标志清政府筹建海军的活动，进入了一个新阶段。（21）
而日本方面海军管理体制的近代化就早了许多了。“庆应丁卯，德川氏还政，设三职隶八课，始有海陆军务之名，而未设专官。明治元年戊辰二月，改为军防事务局，闰四月复改为军务官，二年七月，又改为兵部省，皆以海军隶其中，而别设海军大将、中将、少将等官。四年四月，复置大、中、少佐，大、中、少尉等官。八月，于兵部省中分陆军、海军二部，各设分局，逮五年二月，始废兵部省，与陆军分，专设海军省。六年六月重定官制，沿为今制。”（22）
由此，我们便不难看出，日本早在明治四年（1871年）就已经将陆海军分置二省，相当于部级单位。而中国迟至1885年才建立海军衙门这一专门机构，时间较日本晚了14年，从级别上来说，仍然是隶属于兵部之下的一个机构。由此，我们便不难看出中日海军在管理制度上存在着很大不同，日本有专门的海军省管辖，而中国只有一个海军衙门，而这一海军衙门又无多少实权，海军管理权实际上掌握在北洋大臣、南洋大臣及各地方督抚手中，权力分散而且较为混乱、不利于集中管理和指挥，从而影响了海军的战斗力的发挥和相互间的配合。这一体制上的重大缺陷在中国海军发展的早期，问题尚未充分暴露，但到了19世纪末叶，其弊病就暴露无遗了。而日本海军制度上的优越性在19世纪后期却逐渐发挥出来，为日军海军的发展提供了一个良好的平台。
经费之殊
从中日海军军费的投入来看，也可以窥见19世纪后半期中日海军力量消长的原因。下面以仅有的材料就中日双方海军军费的投入作一对比
表三：北洋海军与日本海军军费对照表（23）
年份
中国（北洋海军）
日本（按照 1895年中日货币汇率折算）
1868-1875（6月）
情况十分复杂，这里不能十分明确，理论上南北洋海军年拨款 200万两，但是实际上并未达到此数目。据姜鸣的研究成果，认为在光绪元年（1875年）—光绪二十年（1894年）中北洋共的款项2300万两，其中后八年（1887-1894）共收1053万两（平均每年115万两，后八年年均131.625万两）
约 567.5万元（358万两白银）平均每年近45万两
1875/6-1876/6
270万元（约170万两）
1876/6-1877/6
354万元（约223万年）
1877/6-1878/6
321.75万元（约203万两）
1878/6-1879/6
264.16万元（约166.7万两）
1879/6-1880/6
263.63万元（约166万两）
1880/6-1881/6
（1881.6-1882年资料缺）
365万元（约230万两）
1883-1890
年均 330万元（约208.2万两)
1891-1895
5855万元（还不包括天皇内廷经费等项），年均1171万元(约738.8万两）
由此可见，自 1875年以后，日本对于海军的投入就已经超过了北洋海军，并且在1876-1890年间始终维持在200万两以上，1891年后，每年的平均投入更是达到738万两白银，远远高于清朝对于北洋海军的投入。总的来看，1875-1894年中，清政府对于北洋海军的理论投入应为4000万两（按南北分解计算，每年北洋海军可得银200万两），据姜鸣的研究成果认为实际到位的只有2300万两，而日本方面则高达6516万两以上（1881年6月至1882年资料缺）。通过上面的分析，不难发现中日经费投入的巨大悬殊，没有投入，何尝会有收获，故而中日海军力量为何会在19世纪后半期发生激变也就不难解释了。
重视程度之殊
若论中日双方对于发展海军的重视程度，也存在着很大的差异。从日本方面来看，日本上至于天皇，下达于百姓，都对海军的发展和海防十分重视。1890年(光绪十六年、明治二十三年)，天皇睦仁下谕拨出内帑三十万元作为造船费。同时，再向民间征集二百余万元的建舰经费。（24）1893年(光绪十九年，明治二十六年)2月，天皇睦仁再次下谕节省内廷经费。六年间，每年拨给造舰经费三十万元。又命令全体文武官员，除特殊情况外，在此期间，一律缴纳十分之一
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