傅斯年这种“非哲学”倾向还深刻影响了胡适。1926年8月24日，针对傅氏8月18日来信所言，胡适复函说：“这几年我自己竭力学善忘，六七年不教西洋哲学，不看西洋哲学书，把西洋人的蛛网扫去了不少，自己感觉痛快……这一层我很得意。因为我是名为哲学教授，很不容易做到把自己吃饭家伙丢了”[21](P310-311)。后来，他又在日记中写道：“哲学的根本取消：问题可解决的，都解决了。一时不能解决的，如将来有解决的可能，还得靠科学实验的帮助与证实。科学不能解决的，哲学也休想解决；即使提出解决，也不过是一个待证的假设，不足以取信于现代的人。故哲学自然消灭，变成普通思想的一部分”[22](P429)。另据钱穆回忆，胡适1931年任北大文学院院长时，“曾言其办文学院其实只是办历史系。因其时适之已主张哲学关门，则哲学系宜非所重”[23](P169)。 

至于顾颉刚虽出身于北大哲学门，却也同样主张：“我们要有真实的哲学，只有先从科学做起。大家择取了一小部分的学问而努力；等到各科平均发展之后，自然会有人出来从事于会通的工作而建设新的哲学的。所以我们在现在时候，再不当宣传玄想的哲学，以致阻碍了纯正科学的发展。”[4](P34) 

不难想见，“整理国故运动”这种崇尚考据同时又主张“非哲学”的倾向必然会遭到以讲求心性之学为特征的现代新儒家的反对。譬如自谓“一生意趣，本不属考据方面”[24](P188)的熊十力便对胡适“仅及于考核之业，……无可语于穷大极深之业”[7](P247)，以至于造成“从来治国学者，惟考核之业，少招浮议。至于义理之言，不遭覆瓿，即是非纷至”的状况表示不满[25](P66)。他批评说：“考据之科，其操术本尚客观。今所谓科学方法者行之。然仅限于文献或故事等等之探讨，则不足以成科学”[25](P185)。他还申明：“我深信读经之难，不仅在名物训诂。训诂弄清了，还不配说懂得经。这是我殷勤郑重向时贤申明的苦心”[25](P288)。而马一浮则更是严厉指斥：“自号历史派者，以诬词为创见，以侮圣为奇功，响壁虚造，而自矜考据，此曹直是不可救药。但当屏诸四夷，不与同中国”[8](P99)，言词中无异于将“整理国故运动”斥为异端。 

此外，钱穆固然最初是以考证而名声大噪，却也在其《国史大纲》中批评“整理国故运动”过于偏重考据而忽略讲求大体的倾向。他将中国近世史学划分为“传统派”、“革新派”、“科学派”三派，并具体剖析说：“‘科学派’，乃承‘以科学方法整理国故’之潮流而起。……缺乏系统，无意义，乃纯为一种书本文字之学，与当身现实无预。”他还尖锐地针砭“科学派”乃“震于‘科学方法’之美名，往往割裂史实，为局部窄狭之追究。以活的人事，换为死的材料。……彼惟尚实证，夸创获，号客观，既无意于成体之全史，亦不论自己民族国家之文化成绩也”[26](P3)。后来，他在致其弟子的信中又再次重申：“近人治史，群趋杂碎，以考核相尚，而忽其大节”[27](P17)。直至1955年，他在为《新亚学报》撰写《发刊词》时还仍然批评“科学派”：“高抬考据，轻视义理。其最先口号，厥为以科学方法整理国故，继之有窄而深的研究之提倡。……其考据所得，纵谓尽科学方法之能事，纵谓达客观精神之极诣，然无奈其内无邃深之旨义，外乏旁通之途辙”[28]。 

现代新儒家发展至第三代，更是对“整理国故运动”过分强调考据的治学倾向加以严厉抨击。针对胡适等人往往将考据等同于所谓“科学方法”，并且标榜“以科学方法整理国故”，牟宗三批评说：“在当时提倡科学是一种风气，其作用是破坏中国文化（所谓整理国故）”[10](P75)，“讲科学方法，不落于学问本身，而只是在外面转，顶无聊，顶害事”[29](P255)。他甚至还点名指责胡适等：“他以文人的底子做点考据，拿做考据来当学问，这是很差劲的。这是眼前的人物，大家都可一看便知。像他这样的人物，处在这样一个时代中，不是一个健康的形态，至少不是能有重大担负的形态。他在这个时代中享这么大的声名，实在是名过其实”[10](P60)，“有人说他是用科学方法讲历史，这句话是不通的，科学方法不能用在历史。什么是科学方法？归纳法。历史是不能归纳的”，“‘中央研究院’就代表这个趋势，找些词语归类、统计，如：‘理’字在什么时代开始出现？在某个时代出现几次？这样一来，理学家所讲的那些都不算学问，只是些空话。‘中央研究院’有人讲宋明理学，在这个风气下只是作统计，统计‘仁’这个词语古来怎么讲，然后讲阮元的《性命古训》，再讲到傅斯年的《性命古训辩证》。这就是学术，其他都不是学术。这样一来，从前儒家所讲的那些学问通通被抹掉了”[30](P10、422)。 

而徐复观虽在第三代新儒家中以研究思想史著称，却也认为“今人所谈的科学方法，应用到文史方面，实际还未跳出清考据的范围一步，其不足以治思想史”，因为他们“一则把义理之学与研究义理之学的历史（研究思想史）混而不分；一则不了解要研究思想史除了文字训诂以外还有进一步的工作。……这种以语源为治思想史的方法，其实，完全是由缺乏文化演进观念而来的错觉。从阮元到现在，凡由此种错觉以治思想史的，其结论无不乖谬”[31](P2、5)。他还一再强调对中国哲学思想的研究，“要求从生命、生活中深透进去作重新的发现”[32]。 

总之，在现代新儒家看来，由于“整理国故运动”过分注重考据

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