傅清等人又被珠尔墨特那木扎勒党羽杀害。西藏局势趋于紧张。七世达赖喇嘛立即在大昭寺唐蕃会盟碑张贴告示，诫谕僧俗人众不得妄动。当年十二月，清军再次入藏，逮治了叛乱的首要分子。第二年初，议定《西藏善后章程》，废除在西藏封授郡王的制度，规定西藏政务由噶厦管理，噶厦设噶伦四名，三俗一僧，地位平等，全部归达赖喇嘛和驻藏大臣统辖。清廷为使西藏僧俗上层贵族互相牵制，设立了由全部僧官主管的译仓，并明文规定噶厦的一切公文；政令必须经过译仓的审核钤印方能生效。由于达赖喇嘛在平定珠尔墨特叛乱中有功，所以清廷正式授予达赖七世管理西藏行政事务的权力，从而建立了政教合一的西藏噶厦地方政府。此外，清廷还确立了在西藏长期驻兵的定制。
乾隆十六年(1751)的改革，奠定了清廷治藏的基本格局。乾隆二十二年(1757)，七世达赖圆寂，乾隆帝为防止噶伦等擅权滋事，遂命令第穆呼图克图暂时代理达赖喇嘛的职权，开始在西藏建立摄政制度。
乾隆末年，廓尔喀两次入侵西藏，暴露了西藏地方体制存在的弊端，促使清廷再次进行改革。
廓尔喀是尼泊尔王国的一个民族，18世纪中叶，统治尼泊尔之后，不断向外扩张势力。乾隆五十三年(1788)，廓尔喀制造借口，挑衅生事，调动大量军队侵占后藏的济咙、聂拉木、宗喀三宗，并围攻胁噶尔。廓尔喀入侵西藏，使清廷感到意外和震惊。乾隆帝立即派四川提督成德率绿营兵千人先行驰援。成德进军迟缓，到达前线时，喜马拉雅山区已为大雪封阻，廓尔喀军已从胁噶尔撤退。成德之后，鄂辉、巴忠等所率援军接踵人藏。乾隆帝本欲对入侵者痛加打击，但巴忠等与西藏地方当局私下同廓尔喀谈判议和。双方议定：廓尔喀撤出西藏边界，西藏许给300个元宝，共计银15 000两。巴忠等人对乾隆帝隐瞒了谈判真相。第一次廓尔喀之役姑息了结，为以后藏事再起，埋下了隐患。
乾隆五十六年(1791)廓尔喀军又分兵几路，深入千里，偷袭日喀则，再次侵藏，气焰极为嚣张，班禅七世丹贝尼玛退居拉萨，扎什伦布寺遭到廓尔喀人的洗劫，西藏人民面临着严重的民族灾难。乾隆帝急调两广总督福康安统兵入藏。当年十二月初一，福康安从青海西宁出发，一路
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