7月13日，罗沙到达北京，与清政府进行谈判。 中国代表由总理衙门以全体名义参加，议定后再选派两名大臣充任全权大使代表中国政府签约。12月1日，中国政府全权大臣奕劻、 孙毓汶同罗沙签订了中葡《和好通商条约》，内容共54款，其中涉及澳门主权的第二款、第三款，重述《会议草约》的第二、三款内容。条约签订后，罗沙立即携条约原本赶回里斯本，请葡萄牙国王钤玺批准，然后立即赶来北京，于1888年4月28日，在天津与中国换约大臣李鸿章互换条约。这样，葡萄牙殖民者334年来梦寐以求的“永驻管理澳门”合法化的目的实现了。这是赫德“逼着中国不过为了商务上的利益而付出了一种可耻的代价”（注：马士著、张汇文等译：《中华帝国对外关系史》（三联书店，1958年版），册2，页428。）。从此之后，中国政府对澳门行使主权遭到破坏。澳门从一个是中国领土、中国政府行使主权的葡萄牙人租居地，变成为中国领土、由葡国“永驻管理”的特殊地区。中葡《和好通商条约》是葡萄牙政府破坏中国政府对澳门行使主权的唯一的条约，但它与中英《南京条约》毕竟有本质的区别。
其一，从国际法观点看，中葡《和好通商条约》本身并未表明中国政府将澳门割让（ceded）给葡萄牙， 仅仅是允许葡萄牙永驻管理澳门罢了。而管理（Administration）权只是一种事实，并非是主权本身，是低于主权的。因此，澳门仍然是中国的领土。这一点，在1887年中葡《和好通商条约》签约后的第三天，葡萄牙外交部长就声称过：“我们从未指明，也不拟指明这行动是割让领土”（注：陈飞霞：《中国海关密档》（中华书局，1992年版），卷4，页396。）。既然澳门未割让给葡萄牙，澳门的“所有权”（ownership）就属于中国。 而就法理而言，“所有权”是主权最根本的标志。
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