蔡元培认为学习西方文化不能仅学其皮毛，而要学其“底蕴”（根本），由此，他比较中西文化，也从探究中西文化各自的“底蕴”入手：“吾人对于欧人之明察，恒以粗鄙近利为口实，以为彼等之所长者枪炮耳；继则日工艺耳，其最高则曰*耳。至于道德文章，则殆吾东方之专利品，非西人之所知也；其或不囿于此类成见，而愿究其底蕴，则又以费绌为言。”（《学风杂志发刊词》，《蔡元培教育论集》。）蔡元培认为中西文化的异同首先是各自“底蕴”之不同。欧洲文明（西方文化）底蕴：“即在事事以科学为基础；生活的改良，社会的改造，甚而至于艺术的创作，无不随科学的进步而进步。故吾国不言新文化就罢了，果要发展新文化，尤不可不于科学的发展。”（《三十五年来中国之新文化》，《蔡元培教育论集》。）而“我国人士，由来尤多好高鹜远，专尚空谈，以致有科学落后之今的。”正因为中国文化缺乏科学基础，所以蔡元培大声疾呼：“且欲救中国于萎靡不振中，惟有力倡科学化，故急期望时彦俊士，能急当务之急，一改空谈之旧习，致力于实际之探讨。”（《张泽科学界的伟人序》，《蔡元培论科学与技术》，河北科技出版社1985年版。）中国文化欲求新进展，必须全面学习西方文化之底蕴，不仅在自然科学与应用技术方面，要采用“西洋方法来试验，”就是在人文科学，“也要用科学的方法来整理他。”（《北京大学成立二十五周年纪念会开会词》，《蔡元培全集》（四），中华书局版。）盖因蔡元培对中西文化的“底蕴”有深刻认识，因而面对一战后所谓的“科学亡产论”以及“五卅运动”后因反帝浪潮而引发的排外倾向，蔡元培仍保持清醒的辩认力：“近乎对于欧美文化，已极了解。虽然知道物质文明的偏重，生存竞争的激烈，也有一种流弊；然而确信欧美的科学与工艺，确有输入中国的必要。”（《为国内反对日英风潮敬告列强》，《蔡元培*论著》，河北人民出版社1985年版。）蔡元培以科学精神之有无作为中西文化差异之根本，是符合历史实际的。中国传统文化重技术应用而不重科学原理，重经世致用而不重理论探索的文化特征，今天几乎已成学术界的共识，蔡元培的这一结论是有远见的。

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