蔡元培不同意中西文化根本对立的观点，他坚信中西文化能够有机融合：从旧文明中“寻出与现代科学精神不相冲突的，非不可能。”（《杜威六十岁生日晚餐演说词》，《蔡元培哲学论著》河北人民出版社1985年版。）他致力于寻找中西文化的会通处：“以近代科学方法，整理中国固有的学术，俾适用于现代。”（《中国的文艺中兴》，《蔡元培全集》（四）中华书局版。）蔡元培在广泛比较了中西文化后，得出中西文化在许多方面有惊人的相似。例如认为“中国古代文明与欧洲古代文明极相类似，”并把孔子、庄子、墨子等与柏拉图、苏格拉底、雅里士多德、伊壁鸠鲁、斯多噶派等相比。（《在旧金山中国国民党招待会演说词》，《蔡元培*论著》，河北人民出版社1985年版。）蔡元培的这些比较虽有简单比附之弊，但在开阔人们视野，匡正中西文化对立论弊端，探求人类文化共性上，仍不失为有意义的尝试。
蔡元培更善于用中国的固有概念解释西方学说。例如他用孟子的“多助之至，天下顺之。寡助之至，亲戚畔之。”来解释克罗巴金的互助主义（《大战与哲学》，《蔡元培*论著》。）。又如，他用中国传统文化中的“义”、“恕”“仁”来解释资产阶级的“自由、平等、博爱”概念。（《在育德学校演论之述意》，《蔡元培教育论集》湖南教育出版社1987年版。）这些解释是否确切尚可研究，但这种方法使蔡元培的中西文化比较研究易于被人们接受，并且富有了活泼的生命力，则是没有疑义的。
文化比较研究不是为比较而比较，它的极限域是为了现实的文化建构。对一点，蔡元培是很明确的：“研究也者，非徒输入欧化，而必于欧化之中更进之发明；非徒保存国粹，而必以科学方法，揭国粹之真相也。”（《北京大学月刊发刊词》，《蔡元培教育论集》。）比较研究旨在文化建设。正是在深入的中西文化
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