在，两者并非一事。
管军的“翼元帅府”和管民的“府”，是依照龙凤政权的统一规制所设 [51]。翼本是对元朝某些万户府下属千户所的称呼 [52]，是较低级的单位。上引《实录》所载诸文官官职，与其他史料所载多有出入。如陶安，朱元璋说“初，安历案牍”[53]，《国初事迹》则说他初授“太平兴国翼元帅府令史”[54]，与“案牍”相合。但上引《实录》则记“以陶安参幕府事”，与“帅府令史”汪广洋分列，可知汪广洋任令史的“帅府”，与李善长等人一样，是“都元帅府”而非“翼元帅府”，陶安则任朱元璋翼元帅府的令史，正是“参幕府事”。潘庭坚所任“帅府教授”，明人作太平府“本府儒学教授”[55]，显然，“帅府”不是太平府，更不可能是翼元帅府，而是都元帅府。可见，都元帅府总揽军民事务，下统太平府和太平兴国翼元帅府，前者管民事，后者管军务。“翼元帅府”之名，是龙凤政权综合元朝级别较低的“翼千户所”和级别较高的“元帅府”而独创的。
朱元璋当以都元帅府左副元帅的身份，兼任翼元帅府元帅。此后，郭、张二帅两次东攻集庆路，而朱元璋不预，当因职责重在守御太平府。次年，何世隆“升右副都元帅，守滁州。”[56]时当郭、张战殁后，何世隆升任张天祐旧官，留守江北重镇，正与朱元璋以左副元帅守太平相类。
全军占领城市越来越多，都元帅府所统，遂不止太平一城的府和翼元帅府。克太平后两月，“习伯容攻芜湖县，克之，置永昌翼，以伯容为万户”[57]，此翼要么为“翼万户府”，要么为翼元帅府，而以万户长之，虚位以待长官。总之，都元帅府总领全军，下统各城市的府和翼元帅府，朱元璋任“翼大元帅”，仍是守御一个大城的军队首领，而非全军首领。
（三）丙申年（1356）三月：行枢密院同佥
至正十六年（1356）三月，朱元璋所部攻克集庆路，“是月，亳都升上为枢密院同佥，以帅府都事李士元为经历”[58]。此前朱元璋已经正式成为全军首领，“独任元帅府事”，这次任命应为对朱元璋新角色的确认。红军攻克集庆路后的第一项措施，即“改集庆路为应天府，置天兴建康翼统军大元帅府，以廖永安为统军元帅，命赵忠为兴国翼元帅，以守太平。”[59]此兴国翼即朱元璋任元帅的太平兴国翼，现在改由部将担任，可知朱元璋至迟此时任“同佥”。
元朝枢密院设多种高官，知院从一品，同知正二品，副使从二品，佥院正三品，同佥正四品，院判正五品，另外经历从五品，都事正七品 [60]。这些官职，除最高的知院外，后来朱元璋所部中统统出现过，可知为模仿元制。红军诸官品级却与元朝不同，翼元帅初授散官为正三品“昭武大将军”[61]，副元帅为从三品“怀远大将军”[62]，而到六月，“置行枢密院于太平，以总管花云为院判” [63]，“阶安远大将军”[64]，为从三品升授散官。后常遇春授“镇国上将军、同佥书江南等处行枢密院事”[65]，镇国上将军正是从二品初授散官。参以元朝同佥高于院判一品之制，朱元璋所任同佥，或为从二品，高于各翼元帅一级。当然，散官与职官品级或有参差，但各种史料中常见翼元帅升院判、院判升同佥的记载，可知同佥作为“院”官，级别明确地高于翼元帅。
行枢密院至六月方设于太平府，但朱元璋早在三月就升任枢密院同佥，是否意味着所任并非行枢密院之职呢？按元制，行枢密院是中央枢密院为主持地方战事所设的派出机构，朱元璋军攻克集庆路，为罕见大功，龙凤政权要授予全军一个高于原都元帅府的名义，非行枢密院莫属。龙凤政权为朱元璋升官只需一纸文书，而新设行枢密院则需时日，六月设院，当属时间参差，“同佥”应即江南行枢密院同佥。
为什么行枢密院没有设在中心城市应天府，而初设于太平府呢？行枢密院为处理战事而设，地点可以随时移动，江南行枢密院衙署后来就长期随邓愈设在徽州 [66]。此后数年中，江南行枢密院虽然是名义上的最高统军机构，但军务是由江南行中书省办理的 [67]，行枢密院只是提供高级武将官衔的空架子。此后红军攻城略地，凡重要城市均设翼元帅府，镇守各将升为元帅，又累积战功升为枢密院判官、同佥之类，但职责仍为镇守各“翼”，各地翼元帅府随之纷纷升格为枢密分院，即“行”“行枢密院”。镇守每一翼者，均院判或同佥在前，元帅在后，“院”官自当节制翼元帅。无论是“院”官还是下属的各级元帅，与行枢密院的事务均毫无关系。
总之，朱元璋“同佥”一职，是攻克集庆路后全军升格为行枢密院而得授的，朱元璋以此行枢密院官身份统领诸翼元帅。但此官是一个简单的名号，当时并不存在一个朱元璋用来发号施令的衙署，等行枢密院成立后，形势早经更新，已派不上用场了。
（四）丙申年（1356）七月：江南行省平章政事
《纪事录》载朱元璋升同佥后：“寻升上为江南等处行中书省平章，以
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