在文献收录方面，过去有关两汉的文献整理，无外乎两种类型，一别集类，如《汉魏六朝百三家集》，二是单篇诗文汇编，诗如逯钦立的《先秦汉魏晋南北朝诗》，文如严可均的《全上古三代秦汉三国六朝文》。而《两汉全书》不仅将以往别集、诗文全部收录，更是扩大范围，将存世的全部两汉文献一网打尽，包括：专著、别集、单篇诗文、经籍传注、小学著作、石刻、简帛、纬书等，断章残篇亦在网罗之中。譬如叔孙通的《汉礼器制度》，这是西汉初年最重要的典章制度文献。根据《史记·刘敬叔孙通列传》记载，高祖五年，天下初定，群臣争功。叔孙通率鲁诸生三十余人，制定礼乐制度，至七年始成定制。《汉书·郦陆朱刘叔孙传》：“汉七年，长乐宫成，诸侯群臣朝十月。仪：先平明，谒者治礼，引以次入殿门，廷中陈车骑戍卒卫官，设兵，张旗志。传曰‘趋’。殿下郎中侠陛，陛数百人。功臣列侯诸将军军吏以次陈西方，东乡；文官丞相以下陈东方，西乡。大行设九宾，胪句传。于是皇帝辇出房，百官执戟传警，引诸侯王以下至吏六百石以次奉贺。自诸侯王以下莫不震恐肃敬。至礼毕，尽伏，置法酒。诸侍坐殿上皆伏抑首，以尊卑次起上寿。觞九行，谒者言‘罢酒’。御史执法举不如仪者辄引去。竟朝置酒，无敢欢哗失礼者。于是高帝曰：‘吾乃今日知为皇帝之贵也。’拜通为奉常，赐金五百斤。” 对此，王充《论衡·效力篇》评价甚高，认为：“叔孙通定仪，而高祖以尊；萧何造律，而汉室以宁。”《后汉书·曹褒传》载，叔孙通有《汉仪》十二篇，可能就是这批文献，可惜早已失传。清人所辑，各家有异。本书将这些资料集中起来，至少从一个侧面展现了一代典章制度的原貌。

    在编排方面，全书以作者为中心，将九百多位作者按照生卒年的先后排列，而不是像以往总集那样，以历朝帝王居首。每一位作者都有小传。其作品的排列是专著为首，别集为次，单篇诗文及其他文字放在最后。这也有助于我们对某一文人学者作全面的了解。我们知道，两汉涌现出很多学术文化大家，他们有着多方面的学术贡献，经史子集，无不涉猎。他们的著作，很难用现在的学科加以规范。按照惯常的编纂体例，这些大家的作品往往分见各处，专著别行，诗文两见，零篇断简，或收录在辑佚书中，或附在别集之后，既不全面，也不易查询。而《两汉全书》以作者为中心，将所有的作品汇总一处，读者展卷把读，他们的成果，并收眼底。譬如刘向著作收录十四种，三十一万字，扬雄著作收录八种，二十五万字，马融著作收录十二种，十万字，郑玄著作收录三十三种，八十余万字。这种编排的好处，就一个作者而言，可以据此了解他的全部学术文化成就。再就一个时代而言，按照作者生活年代排列作品，据此可以清晰地展现两汉学术文化发展的脉络。

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