“元培计划”实施导师制，导师分为专职导师和兼职导师，包括著名经济学家林毅夫等在内的知名学者、北大各学科的资深教授等都曾担任元培实验班的兼职导师。这些导师不仅指导学生进行课程选择和专业选择，有的还指导学生的学术研究[注: 孙武兵法初探序言 兵者国之大事，死生之地，存亡之道，不可不察，克劳塞维茨曾指出；战争不是神物，战争是发展的科学，余窃以为以兵圣孙武为代表的中国兵学思想文化无疑正是中华民族优秀文化成果的杰出典范；同时又]和学位论文。

据不完全统计，从2002年到2010年，“元培计划”学生在代表本科学术水平的北大“挑战杯”竞赛中，一直表现优异。从2008年至今，“元培计划”学生更是连续包揽挑战杯的最高奖项“王选杯”。在每年的高考招生中，“元培计划”的招生分数都名列前茅，成为优秀学子的首选方向之一。毕业生受到欢迎和好评，以2011届毕业生为例，169名毕业生中，79.9%的学生考取研究生，81名考取境外研究生的毕业生大多数被牛津、剑桥、哈佛、耶鲁等世界一流高校录取。

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