世纪科学革命的形势面前有过一些困惑和结构调整，但是总的来说为自然科学[注: 自然科学是研究无机自然界和包括人的生物属性在内的有机自然界的各门科学的总称。认识的对象是整个自然界，即自然界物质的各种类型、状态、属性及运动形式。]发展提供了一个良好的平台。在中世纪，实用的工程和科学知识有一部分不属于传统的大学教学范围，譬如手工业[注: 手工业是依靠手工劳动，使用简单手工工具从事小规模生产劳动的工业。其特点是一家一户为单位，用私有生产资料分散经营。主要类型有：自产自销的手工业，]技术是行会的事务，航海主要为商人和海员所关注，而军事工程的教学和研究则归属军官学校。所以近代早期的大学面临如何整合新的工程学和自然科学的挑战。此时国家加大了对应用学科的支持力度，组建科学院、天文台等研究机构，以优厚待遇吸引了一些科学家离开大学。著名的哥白尼、开普勒、牛顿和伽利略分别在克拉科夫[注: 克拉科夫（Kraków，又称Cracow）波兰历史名城。14～16世纪波兰王国首都。位于维斯瓦河上游，距华沙约 250公里。]、图宾根、剑桥和比萨大学接受教育。哥白尼和开普勒的研究是在大学以外进行的，牛顿和伽利略曾经在大学长期任教，后来分别任职于英王的造币厂和成为佛罗伦萨[注: 佛罗伦萨(Florence) 是意大利中部的一个城市，托斯卡纳区首府。位于亚平宁山脉中段西麓盆地中。阿诺河横贯佛罗伦萨市内，两岸跨有7座桥梁。]特别聘请的科学家。科学革命所带来的新知识是以欧洲大学传统的文学和科学教育为基础生长起来的，而且大学很快就适应变化，把新的科学和工程学分支纳入课程体系，只是不再像中世纪那样对科学有绝对的垄断性控制。钱茂伟教授在谈到明代科举的情况时曾经说，“社会各界均以读书做官为荣，‘官道’周围聚集了全国的知识分子，走其他道路的士子很少。这种过强的、单一的价值观，压制了其他人才的发展”（《国家、科举与社会》，2004年）。欧洲大学和政府对科学和科学家的重视造就了与官本位完全不同的另一种社会氛围。
西方大学在近代民族国家[注: 民族国家是指近代以来通过资产阶级革命或民族独立运动建立起来的，以一个或几个民族为国民主体建立起来的国家。民族国家是一个独立自主的政治实体，是20世纪主导的现代性民族自决和自治概念及实践。]兴起的过程中保持了相当程度的独立性和多样性。17和18世纪是西方政治思想极其活跃的时代，而各派观点的代表人物几乎都是这一时期大学的毕业生，很多是大学教授。譬如，支持扩张国家权力[注: 国家权力是指统治阶级运用国家机器来实现其意志和巩固其统治的支配力量。它是一种特殊的政治权力，是通过国家政权发生的政治权力关系。]和国家主权观念的博丹（图卢兹大学）、霍布斯（牛津大学），试图以自然法思想维护美洲印第安人权益的维托利亚、主张民权和限制君权的苏阿雷斯（萨拉曼卡大学
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