据我们的调研，不少高校或院系在年度工作考核中实行“工分制”，即规定教师每年至少发表的论文数量以及论文发表刊物的级别，这就违背了学术活动“不确定性、不可预计性”的特点，强迫教师对其科研活动进行理性规划，按时按点产出特定数量的成果。科学研究还具有周期性和波动性，一些研究成果的出现往往需要酝酿数年的时间。同时，对于教师个人来说，其学术生涯也有巅峰期和低谷期，要求教师每年至少发表若干论文的规定是不符合科学研究规律的，用一位受访教师的话来说，这是“用最简单的算术方法来管理世界上最复杂的脑力劳动”，同时也是对教师工作自主性的干扰。
其次，量化评估以及量化的奖励措施鼓励学者匆忙地发表成果，营造不良的科研文化，对于那些不急于发表成果、追求尽善尽美的学者来说，是不公平的。而且，很多学者不得不最终屈从于这种崇尚数量的文化，转而从事[注: 中央或地方长官自己任用的僚属，又称“从事员”。《赤壁之战》：“晶其名位，犹不失下曹从事。”-congshi]低层次的、容易获得高产出的研究领域和研究问题。
第三，量化评估倾向于用“一刀切”的管理方式来管理所有学科，忽视学科文化的差异。发表数量、影响因子、被引次数，这些表面上客观化的指标是不能在不同学科之间对等地比较的，甚至在同一学科的不同研究方向也无法进行对等比较。不同学科的发表节律是不同的，例如传统的文史哲学科并不鼓励大量发表论文。不同学科的引用模式不同，即便同一学科内，不同研究领域之间也有很大差异。有些研究领域同行较少，即便是最杰出的研究，可能被引次数也并不高，有些研究被引次数很高，可能只是因为它们处理的是热门的研究问题，并不能客观说明其研究水平，因此仅仅依靠被引次数判断研究质量也不完全可靠。
目前的学术评价普遍强调SCI、SSCI、EI论文，甚至到了崇拜的地步。但这个评价标准并不适用于所有学科。在我们的访谈中，很多被访者希望能够重新反思SCI的导向。一位生物学学者就指出：
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