是领导这次革命的中心力量，可是，在武昌起义后却迅速陷于解体。反革命势力制造流言蜚语，攻击它“将以天下为已私者”，诬蔑革命党人为“暴徒”、“无赖”<%《胡汉民自传》《袁世凯之阴谋》一节说：“同时起义诸人遭毁谤者，英士尤甚于余。诋余为‘暴徒’，而诋英士则直曰‘无赖’。”%>。更有人为破坏它，“冒充同盟会敲诈者，有假收会员领钱者（每人纳费五元），吠影吠声，同盟会几不利于人口，洁身自好之会员，则避之若浼”。使这个组织处于严重的危机中。孙中山为了整顿这个组织，在归国后曾于上海召开有旅沪各省分会部分负责人出席的同盟会总部临时会议，制定暂时章程，发表宣言。在指出大好形势的同时，也指出了由于同盟会内部的分歧，为敌人所利用。出现了“贪夫败类，乘其间隙，遂作莠言，以为鼓簧，汉奸满奴则又冒托虚声，混迹枢要，在临时政府组织之际其祸乃大著”的严重局面。宣言不点名地驳了章太炎所宣扬的“革命军兴，革命党消”的论调。指责这种论调，“于本会所持之主义而亦懵之，是儒生□茸之言，无一粲之值。”强调革命党人的责任，决不限于推翻清朝政府，即“不卒之于民族主义，而卒之于民权主义、民生主义”，“必完全贯彻此三大民主而无遗”。宣言指出当时的形势是：“今者汉阳复失，虏军尚在，胜败之数，未能逆料”的“千钧一发之时”，革命党人必“先自结合，以成坚固不破之举”。然后“广益其结纳，罗致硕人，以闳其力”。并把造成“灵敏机关，剔弃败类”，作为同盟会的“今日之急务”。（邹鲁：《中国国民党史稿》第一册）
但是，孙中山所作的努力，并没有解决多少实际问题。他没有能拿出整顿与加强同盟会的具体措施来，这样，这次会议及其宣言，也就不可能挽回同盟会已经出现的分崩离析的局面。
孙中山所作的另一个重要努力，就是尽力使正在组织的南京临时政府，能掌握在革命党人手中。
当临时政府成立之际，孙中山提出任命胡汉民为总统府秘书长。“各部之组织，则采纳克强意见。”临时政府的九个部中，具体的分配是：陆军总长黄兴、外交总长王宠惠、教育总长蔡元培（同盟会会员）、实业总长张謇、交通总长汤寿潜、内务总长程德全（江浙地区极有影响的立宪党人与旧官僚）、司法总长伍廷芳（伍曾留学外国，为“法界前辈”，曾担任清朝政府的外交官）、财政总长陈锦涛（“克强推荐张謇或熊希龄长财政，先生不可，曰：‘财政不能授派他人’，我知澜生〔陈锦涛字〕不敢有异同，且曾为清廷订币制，借款于国际，有信用’，于是用陈。”）、海军总长黄钟瑛（为起义的舰长）。（见《胡汉民自传
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