由于两种文化总体差异性与局部相近性的存在，两种法律体系必然产生冲突，当然我们这里所说的冲突并不意味着一定是尖锐对立。例如在刑法领域，两者最大的分歧莫过于对伤害、*案件的性质认定和处理。此类案件若按清律当属严重刑事犯罪，行为人要处死刑，而在回疆旧有的法律体系中则是依照伊斯兰教法的观念，*和伤害罪被视为普通民事纠纷，可以采用同态复仇或赔偿血金的方式解决。在经济法领域，两者法律观念差距较大的是人丁税问题，按中原法律文化的传统，对臣民征收人头税是封建国家的权力，天经地义，而穆斯林按伊斯兰教法的观念理解，只有对被征服的异教徒方才征收人头税，带有污辱性质，所以有学者指出，由于这一法律观念上的冲突，尽管清朝对回疆征收的赋税低于以往，仍旧引起了穆斯林的不满。在婚姻法领域，哈乃非法学派规定“同乳不婚”原则，按 照大清律看来，此纯属无稽之谈。大清律规定“同姓不婚”，叔伯兄弟姐妹在禁婚之列，而伊斯兰教法则无此类限制。
两种不同质的文化或价值观的冲突，不可能产生一种文化将另一种文化完全“吞并”，或 者一种文化自行废止，全盘引入另一种文化的结果，事实上，文化碰撞的双方都是以我为本，兼取所需的，经过调适，两种文化在新的基础上走向新的整合。清朝政府在最初制定统治回疆政策时，基本上因循了这一原则。作为中央政府，清朝在回疆地区驻军、设官、征收赋税、颁行法律，行使中央对地方的权力，以《大清律例》为代表的一系列大清法律规章被颁发到回疆各地官衙，成为巩固统治、镇压反叛、保障统治机器正常运行的工具，但同时清政府也认识到回疆社会的特殊性，对回疆社会文化表示出某种宽容，不触动回疆社会结构、有条件沿用回疆旧制、在政教分离原则下保护伊斯兰教，即“办理回众事务，宜因其 性情风俗而利导之，非可尽以内地之法治也”[12]。清朝的这种宽容曾给前来回疆的外国旅行者留下深刻的印象。
大清法律和回疆旧有的法律文化整合过程中值得注意的是二者间具有较多的互补性。例如，回疆依照的伊斯兰教法由于重私法轻公法，自身存在先天不足，在国家政权之下，不能独立使用，而必须补充以地方习惯法、行政法、经济法和王权 ；而在中国古代社会中，吏制发达，形成了一整套严密的官制法，刑事法典缜密严整，构织起庞大严密的法律体系，这使得它们的融合成为可能。另一方面，以大清法律为代表的中国封建法律本身也处在法律自身演进的形态，它对于一些社会关系的调整处于空白状态。例如，大清法律中对于商品流通、民间共有财产所有权、社会救济等项内容缺少
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