有著作认为，章程“正式规定中央政府驻军西藏地方”（注：《天朝筹藏录》，第196页。），似属误植。遍查藏汉文各种版本的《善后章程》，均不涉及驻兵一事（注：汉文本有《清代藏事辑要》本、《清高宗实录》本，藏文本有《论西藏政教合一制度》附录三、《清代以来中央政府对西藏的治理与活佛转世制度史料汇集》第29—33页。）。要之，章程是针对藏政内部体制制订的，故不涉及朝廷派兵驻防之事。事实上，章程出台之前，清军已经驻藏，并作为定制确定下来。
关于达赖喇嘛的地位，有著作认为章程“明确规定，凡卫藏重大事务，由驻藏大臣并达赖裁决”（注：《天朝筹藏录》，第198页。）。似驻藏大臣地位高于达赖，这也与事实相左。从汉文章程看，共有11处提及达赖与驻藏大臣共同处理藏政，其中9处达赖列名在前，只有两处驻藏大臣列名在前（注：见汉文《藏事辑要》本，第二、三、四、七、八、十三条。）。《西藏图考》则明确说：“（乾隆十五年）始不封汗王、贝子，设四噶布伦分其权，而总于达赖喇嘛，以全藏地与之”（注：《西藏图考》，卷之二。）另据藏文史料，乾隆曾口谕，“自此一切政教宜由喇嘛理之”，在拉萨公布善后章程十三条的大会上，钦差官员曾颁令：“一切僧俗须知：持金刚达赖喇嘛为雪域藏地唯一怙主，大皇帝为宏扬佛教和一切众生安宁，如往昔第五世达赖喇嘛时期一样，一切授权于持金刚达赖喇嘛”（注：《七世达赖喇嘛传》，第371页。）。东嘎洛桑赤列甚至认为乾隆曾明确对二世章嘉活佛讲过“将西藏地方的权力交付达赖喇嘛，另派一位钦差大臣辅佐达赖喇嘛，重大事项由达赖喇嘛会同钦差大臣酌办”（注：《论西藏政教合一制度》，第112—113页。）。据此，则达赖喇嘛的实际地位和作用显然高于驻藏大臣。
但是，实行以达赖为首的政教合一制度也有一个问题，那就是如何处理新达赖由转世到亲政之前的十几年的事实上的权力真空。为此清廷在七世达赖去世时（1757年）又制订了活佛摄政制度。即在新达赖亲政之前，由西藏僧俗公推德高望众之活佛担任摄政，“俾令如达赖喇嘛在日一体掌办喇嘛事
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