的确立，是清朝政府在管理藏传佛教方面的重大改革。在这项制度确立以前，蒙藏地区四大活佛的转世出现封建农奴主贵族操纵政教大权，其兄弟叔侄姻娅相传袭，几乎与世系封爵无异的景况，既不利于清朝中央政府对蒙藏政教的管理，也易于使地方封建贵族割据势力膨胀发展。清朝政府创立了金奔巴制度，规定：各地呈报的达赖喇嘛、班禅的呼毕勒罕的姓名及出生日期用满、汉、藏三种文字写在牙签之上，放入清政府所颁发的金奔巴瓶之中，在驻藏大臣的监督之下，当众在大昭寺宗喀巴佛像前抽掣拈定真呼毕勒罕。
清政府对西藏地方施政的改革，必须考虑到宗教因素，因此在乾隆朝出现了借助于藏传佛教力量，缩小地方势力范围的改革思路。清政府提出“多立头目，以分其势”改革措施。地方噶厦政府内三俗一僧，地位平等，在驻藏大臣和达赖喇嘛的领导下处理行政事务。清朝政府授予达赖喇嘛直接掌管西藏地方政务的权利，地位和职权与驻藏大臣平等。从此，达赖喇嘛不仅是宗教领袖，而且是*领袖，这就开始了格鲁派治理西藏的“政教合一”制度。
与藏传佛教不同的是清朝政府在新疆地区实行的是政教分离政策。
15世纪以后，由于伊斯兰教在新疆的迅速发展，宗教头目逐渐控制了世俗政权。在清政府统一新疆以前，作为伊斯兰教法规维护者的阿浑的社会地位居于世俗的伯克之上。阿浑，又称阿珲、阿訇。清政府统一新疆，大小和卓叛乱被平定以后，其后裔流亡浩罕，阿浑便成为伊斯兰教在新疆地区的集中代表，并拥有神圣的权利。阿浑常常制造事端，利用教徒聚会之际废杀伯克。乾隆说：“阿浑乃回人诵经识字者，与准噶尔喇嘛相似，从前厄鲁特等不知事体，听信喇嘛，致生变乱，岂可使回人仍因旧习。著传谕舒赫德等，晓示各城回人，嗣后诸事，唯听阿奇木等伯克办理，阿浑不得干预”[4]。清政府认为，及早削除必须阿浑在新疆社会的影响，如果阿浑势力膨胀，将会利用宗教危及清朝政府在新疆的统治。清朝政府统一新疆以后，支持世俗的伯克，令其署理维吾尔地区的各项民政事务，禁止宗教干预行政，实行了政教分离政策。这项政策在某种程度上抑制了宗教势力的发展，避免了宗教人员掌握世俗政权，滋生事端，对于社会的安定及清朝在新疆的统治是十分有利的。[5]
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