人的力邀下，他婉辞剑桥，35岁出任北大东方语言文学系系主任。季羡林初创东语系时，只有4位教师。不久又增加2名教师。学生人数比教师还少。在红楼一间十几平方米的东语系办公室里，足够召开全系师生大会。当时东语系是北大最小的一个系。解放后，由于国家急需培养对外翻译人才，经过外校有关专业的并入，东语系人丁兴旺，成为当时全国唯一的一所培养东方语言人才的最高教学机构。
在教学和研究方面，季羡林从德国回到国内以后，其研究的环境与条件跟德国有很大的差异。如果说季先生此前的研究，主要集中在佛教梵语、印度学和中亚古代语言方面，解放后在东语系的教学中他开始把自己的研究题目越来越多地跟中国的语言、文化和历史联系起来。这就是他在教材纲要中强调“从印度古代史讲起，但把重点放在现代史上”的原因。
他曾多次强调“不研究佛教对中国文化的影响，就无法写出真正的中国文化史、中国哲学史或者中国历史[注: 中国历史是中国各民族诞育和发展的历史。它的发达的封建社会，曾创造了同时代世界最高的文明。但是当西方某些地区跨入资本主义，特别是当西方资本主义列强入侵中国之后，中国越来越落后了。]。或者说，弄不清印度文化、印度佛教，就弄不清我们自己的家底。”因此要求学生既要了解“中印文化交流的情形”，又要发现“现代印度许多政治上、文化上奇怪现象怎样在历史上形成的。”
关注“中印文化交流的情形”，也成为季羡林一生重要的学术方向，其后来的《中印文化关系史论文集》等著作，准确把握重大历史事件的来龙去脉，资料功夫坚实，论断谨慎而恰当，成为后人了解印度历史文化的可靠教材。
季羡林通解多种外语，在研究中能够使用各类外语的原始资料，从他给学生列出的参考书看出他的教学特点。《印度史》这门课他开列的参考书是《殖民地保护国新历史》,这本书是前
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