根据全国工学院调整的方案，“北京大学工学院、燕京大学工科方面各系并入清华大学。清华大学改为多科性的工业高等学校，校名不变。将清华大学的文、理、法三学院及燕京大学的文、理、法方面各系并入北京大学。北京大学成为综合性的大学。燕京大学校名撤销。”为具体进行京津高等学校的院系调整工作，1952年6月25日，教育部成立京津高等学校院系调整办公室。同日，为筹备建立新北大和新清华，决定分别成立京津高等学校院系调整北京大学筹备委员会与清华大学筹备委员会。6月27日，清华筹委会正式成立。9月12日，清华大学院系调整筹委会议决，确立本年全校所设系科，共设8个系、22个专业、15个专修科。9月19日，教育部批复清华、燕京、北大三校工科院系调整方案，清华大学原有文、法、理各系除20多人外，全部调整到北京大学等单位。北大、燕京两校工学院调整到清华。调整后的清华，成为一所多科性的工业大学。

    对1949年后的教学改革等，起初也有一些不同的声音。1950年5月27日，民盟文教委员会和光明日报社在清华园举行高等教育问题座谈会，出席者为清华、北大、燕大的一批知名学者，如潘光旦、钱端升、翦伯赞、汤用彤、金岳霖、吴晗、张奚若等，他们发表自己对高等教育的看法，从见于《光明日报》的记录中，可以看出他们对当时的改造，还颇多保留意见。如张奚若就云：“大学的性质和任务必须明确。现在我们正在进行大学课程改革，我觉得必须首先解决这个问题。……大学的性质应该是全面的、向上的、创造的，大学教育不但要照顾到现在，更要照顾到将来。就一个大学的本质来说，学术的研究成份应当重于实用的技术成份。……现在我们正在计划大学的课程改革。这是应当的，也是必需的，但是课程改革如要合理，如要适当，我们就必须把大学本身的性质和大学文法科的性质弄清楚，不然，便难免要发生‘狭隘的实用主义’的偏差。”金岳霖也说：“大学不是专门训练狭隘的实用人材的，它是在广泛的科学的基础上教育学生掌握理论，使能灵活运用，并从事专门研究工作的。我主张大学中的理、工、文、法、医、农学院不要分开，这正是大学之所以为大学。大学一方面要教育人材，一方面还要做高级的研究工作。……我们不要忘了大学是建设中非常基本的东西，有继往开来的作用，不要因一时需要，忽略了更大的责任。”钱伟长也特别强调了人文学科的重要性，他说：“工学院不能离开文法学院，因为今天的工程师是需要多方面的认识的。假使国家生产依靠一批对国家情况不了解的人去执行生产任务，这是非常危险的事情。”

    然而，这些极富远见的声音丝毫没有影响到院系改革的步伐，它们也很快就被淹没在时代的洪流之中。1951年11月8日，清华大学全体教职工上书毛主席，表示：“听到北大和清华两校院系调整和分别合并消息，我们非常兴奋，我们将这个决定当作我们自己的愿望和决定，当作毛主席交给我们的一件光荣的政治任务，全心全意地贯彻执行。……我们完全有信心，有准备来克服种种困难，胜

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