对此却始终没有严格认真执行。1691年，出于对西方科学的热爱，和对通晓科学的教士的好感，康熙甚至还一度容许其在中国发展合法化，准许其收中国信徒(以回报传教士为朝廷的效力)。只是后来罗马教廷无理骄横，派使节见康熙，坚持中国教徒不能拜祖宗、让其违背传统的文化信仰，这才让他感到难以接受，终于在1720年明令禁教。雍正即位后，1723年严厉执行禁教政策。乾隆朝更严。从此，除了宫廷里继续留用的传教士之外，天主教在华传教事业基本结束，直到晚清以后才又借侵略特权卷土重来。因此，对于清廷最终禁教，罗马教廷的无理和僵硬政策，实在也负有直接的历史责任。
禁教虽然可以理解，但因此而影响到对西学的吸收，则造成不幸。禁教后如何设法保持与西学的沟通呢?当时清廷并没有重视这个问题。虽然，传教士并不是传播西学的最理想的媒介，但清廷却没有设法主动找到更好的媒介，来继续保持与西方那些先进文化部分的沟通。文化交流以往的最好方式，是派人出去，或请人进来。而清政府对此却都没有能够做到。这不能不说是一种历史的遗憾。
与此同时，还存在另外一种遗憾，那就是康熙皇帝本人并没有把他对西方自然科学的热爱，没有把他这种个人兴趣变作举国士大夫的学习和受教育的内容。没有在科举制度中纳入自然科学的考试内容。特别是在失去了与西学直接沟通条件的情况下，这一点实际上变得更加重要和迫切了。当时，在华有个法国传教士叫巴多明，就表达了这样一种遗憾。
巴多明因研究中国天文学，在西方享有盛名。1730年 (康熙死后6年)，他在给法国科学院院长德梅朗的信中，就很遗憾清朝皇帝不重视自然科学，不给科学家以应有地位，所以科学不发达。在他看
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