副都统，驻有以参赞大臣为首的满、汉、锡伯、索伦(今鄂温克与达斡尔)等驻防营和管粮通判一员，兵近15000名。伊犁、塔尔巴哈台与乌鲁木齐(都统)并为天山北路三大重镇，而伊犁将军则新疆南北部兼而统之。
历史上的“回部”一词，系清代对新疆南部维吾尔族聚居区的称呼。与北疆实行旗治略有不同，清高宗底定回疆即南疆，分建八城(喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔)，置办事、领队各大臣之外，基本上实行的是民治，即采用本地区固有的传统伯克制而略加改革。这一政策对于统治南疆各族颇有成效。伯克原为南疆维吾尔语的职官名，最高职官叫阿奇木伯克，他的助手叫伊什罕伯克，都是世袭。清统一南疆后，改革伯克制，废除世袭，削弱其权力，给予一定数量的田地、农奴等。据史载，南疆31城设三、四、五品级不同的阿奇木伯克共有40人。整个南疆自五品以下六、七品的伯克，多至百数以上41。阿奇木伯克统辖各城村大小事务，伊什罕伯克协同阿奇木伯克办理事务。新疆建行省后，俱改直隶厅、州、废伯克制，以阿奇木、伊什罕职位较高，仍保留原衔，直至清亡。
除了行政上的分而治之而外，在民族交往方面，清政府采取限制新疆天山南北与内地人员往来的政策。原来新疆天山南北路各族进入内地“不限人数，一概俱准放入边关，多则“成千余人，
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