政管理体制自清初建立起就存在诸多弊端。例如在财权管理上，清朝实行的是国家税，没有中央税与地方税之分。所有地丁、漕粮、盐课、关税等征收事项，户部均委托地方经理，而地方所征各种税款又须按户部之命进行分配。从征收的角度看，所有税款均为地方税，从管理的角度看，所有税款又均属中央税。这就在管理体制上产生了财权不明的弊端，即征收权与所有权不相一致的矛盾。又如在财政分配上，清朝中央与地方之间长期实行的是按比例分成制，即各省征收各种税款后，将其一分为二。一部分为存留，供本地之用；一部分为起运，按期上缴中央或协济他省之用。这种按比例分成的分配制度，其优点是无重复征税之弊，可以节省征收费用，并避免中央与地方之间对税源归属问题的争议。但也有其缺陷，即按比例分成有时是很难掌握的。中央拿几成，地方拿几成，经常会因客观形势的变化而难以操作。据载：从康熙中期至光绪初年的200年间，在经费留存起运比例中，起运到中央的税款占地方征收启额的76-85%，而地方存留仅占24-15%。[18](P424-427)
这种财权不明、分配不公的矛盾，在正常年代，地方各省还能按户部指令提供足够的税款，使中央财政保持平衡而有余。但到发生灾歉或战乱之际，尤其当中央集权财政体制削弱时，户部财源就难以保证，甚至出现地方拖欠京饷或截留中央税款的现象。咸丰二年（1852年）九月，安徽巡抚蒋文庆将全省上下地丁、关税及杂款，一律截留本省充作军费。咸丰三年，浙江协拨湖广饷银7万两，途经安徽时，巡抚蒋文庆便将此款截留，作为本省防堵经费。同年8月，江西巡抚张霈截留广东解往江南粮台的饷银15万两。10月，曾国藩在长沙也奏请截留过境饷银4万两。作为招募湘军之用[11](P7)。户部对此违例行为虽表不满，但因无款可拨，不得不加默认。地方督抚对应解
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