把自己同国民党绑缚在一起，早已不看好国民党的竺可桢决定不走这条道路；共产党么，自己又陌生得可以。这时，国民党浙江警备司令部转来一个信息，仍要他奉命离去，竺可桢预感到危险，多番思考，“不得不出之一走”。于是，他决定单独潜往上海，在上海的中央研究院作进一步的观察，再做决断。不久，他带信给夫人：“决不去台湾或广州。”随之，他再次回拒了杭立武“要事相商”要他去台湾或厦门的命令，并提出辞职。竺可桢又写信给浙大的同人，说自己 “于狂风骤雨中仓皇出走，抛十余年共患难之友朋、生徒、妻子于不顾”是出于无奈，希其见谅。至于上海各报发表的竺可桢已飞抵台湾的谣言，他说：“兄等置之一笑可耳。”没想到，在上海潜居，偏偏碰上了身怀使命抵达上海的“小蒋”。

5月6日，竺可桢“途遇蒋经国”。据有人回忆：是日，竺可桢正从研究院的楼梯上走下来，恰好碰见了蒋经国，蒋问：“你怎么还没有走? ”随后马上说：“我叫人去为你买机票。”竺可桢回答说：“历史兴替，大势已去，台湾能维持多久?您与令尊经历不同，依我看，您也不必去台湾了。”听了这话，蒋经国生气地说：“人各有志。”于是两人不欢而散。据当年浙大学生的谢觉民的回忆：多年后他去台湾，蒋经国曾单独邀请他午餐，并亲口对他说：“当年我奉父命，邀请令师竺可桢先生前来台湾，可惜他未能前来。”另据中科院院士吴征铠先生的回忆：竺可桢与蒋经国会面后，为了摆脱可能的纠缠，竺可桢随即和中央研究院院士、化学家吴学周商议，吴建议竺立刻迁到比较封闭的一间化学实验室（这个实验室的安全门是钢制的，窗子也是如此，并有帘子和百叶窗，门窗关闭后，外边什么也看不见），此后竺可桢整日闭门，只在屋中看书消遣，当时上海有的小报报道竺可桢“失踪”了，这样才没有引起外人的注意。此后，竺可桢又谢绝了傅斯年的来电邀请，至5月27日上海已解放，《大公报》终于公开了“竺可桢未去台湾”的消息。

竺可桢的选择并不出人意料，他早已绝望于国民党“不自振作，包庇贪污，赏罚不明，卒致有今日灾害颠覆”，他还亲睹了人民解放军进入上海而秋毫无犯（在中央研究院，他见到解放军“站岗者倦则卧地，亦绝不扰人，纪律之极佳诚难得也”），同时他确信：自己前半生无法遂愿的科学、民主、自由、仁爱，在新社会中应该是大有希望的。于是，在沧桑鼎革之日，他在日记中写下了这样一段话：“解放军之来，人民如大旱之望云霓，希望能苦干到底，不要如国民党之腐败；科学对于建设极为重要；希望共产党能重视之。”

也几乎是同时，早在抗战尾声时参加并成为由周恩来指示而成立的中共外围的“中国科学工作者协会”理事长的竺可桢，却听到了浙大居然发生了“ 拒竺”运动的消息：1949年6月8日，竺可桢忽然收到夫人发自杭州的信函，得知浙大校内的壁报竟然在指责他“受英美教育之毒，做事不彻底，不能对恶势力争斗，只剩了些科学救国空谈”。又说：“竺对于旧的固然厌恶，对于新的心存怀疑。但民主与反民主不容有中间［道］路的，而竺某偏偏走了中间毁灭之路。”显然，这不是空穴来风。

1949年1月，竺可桢还在杭州时，为了尽量躲避战火、减少人民的损失，社会有识之士成立了“浙江人民促进和平委员会”，竺可桢是常委之一；4月，又成立了浙江省临时救济委员会，竺可桢也是常委之一，当时浙大也成立了一个“应变执行委员会”，但到了25日，浙大已是“学生自由行动，学校已入无政府之状态”（《竺可桢日记》）。5月3日，杭州解放。对于自己当年的抉择，竺可桢在后来“洗澡”运动中的《思想自传》中说：“首先由于国民党特务视浙大为眼中钉，而且从他们看来我是站在学生方面，是他们的对立面，在他们撤走以前，有可能做些对我不利的事情。其次，我对共产党办学方针毫不了解，不如回中央研究院重理旧业为适当。”正是这“两头不到岸”的局促情景，触发了当年浙大的“拒竺”风波。

据当年浙大学生许良英（物理学家、社会活动家）后来在《幻想·挫折·反思·探索——波涛一生的心路历程》中的回忆：当年浙大的中共党组织，原发端于浙大在贵州办学时由史地系吕东明、电机系李振铭（李晨）两位学生所建立，并由中共南方局组织部领导，但当时未建立支部，直至复员回杭州以后，即 1947年2月才建立了支部。在“反饥饿、反内战”运动的后期，中共上海局青年组的成员洪德铭（化名张新之）来杭州指导工作，8月，浙大党支部进行改组，许良英任书记。12月，中共上海局决定成立杭州工

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