然而，史馆在行政上又常常受制于内阁。内阁本是翰林院设在禁中文渊阁备皇帝顾问和为皇帝起草诏敕的机构，由于“预机务”并接近皇帝，所以地位日渐升高，“虽无相名，实有相职”，反过来凌驾于翰林院之上。加之史馆与翰林院相隔悬远，而与内阁相毗邻，因此史馆的修纂活动常常受到内阁的左右。其一，史馆修纂与否，都由内阁决定，据《寓圃杂记》卷六载，成化初，内阁大学士彭时、商辂、陈鉴等“会饮于王廷尉概家”，论及前史，认为《新唐书》体例不一，遂决定重修。只因为在所举的总裁人选上有分歧，事才告吹。明代史馆修纂的主要史书《实录》，便是由内阁大学士作出修纂决策的。如英宗时华盖殿大学士杨士奇等人便上疏请修《宣宗实录》。神宗时，“大学士张居正等请纂修《穆宗庄皇帝实录》”（注：《神宗实录》卷五，隆庆六年九月乙巳。）。其二，重大修史活动如《实录》修纂，均由内阁首辅为总裁，翰林院掌院学士最多只能当副总裁。其三，修史的史料按规定由礼部采辑后径“送翰林院纂修”，但内阁常常插手，要求经由内阁转发史馆，如张居正在其《议处史职疏》中曾提议，内阁所藏的文件，由“阁臣令两房官录送史馆”，同时各衙门章奏，“全抄一通送阁转发史馆”。这就越过了翰林院。然而，内阁对外没有独立的印钤，它的文移关防，又是用的翰林院印。这样，史馆从名义上来说，仍然属于翰林院管辖。史馆与内阁的这种暖昧关系，使史馆在隶属关系上呈现出复杂性和模糊性特征。

    第二，史馆设置的地点不在它所隶属的翰林院中，而在禁中左顺门内的内阁及其诰敕房东阁附近。

    明清各种关于明代制度的史书都记载了翰林院的情况，却很少提及史馆。因为明代的翰林院与史馆并不在同一个地方。明代的翰林院职责比较冗杂，制诰、史册、文翰等事均属其职掌，因此，翰林官员工作的地点和机构不可能都在翰林院内，有的与翰林院在一起，有的则远离翰林院，“盖翰林院乃朝廷司笔札文翰之臣，分局供职，讲读有讲读厅，修撰、编修在史馆，检讨有检讨厅”（注：何良俊：《四友斋丛说》

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