侧为中心的北方系统的谱系结构。南方系统分为南北两支，南支由彭头文化、皂市下层文化和汤家岗文化构成，北支由城背溪文化和大溪文化构成，他们的绝对年代约在距今8500─5100年之间。北方系统的考古学文化由边畈文化、油子岭文化、屈家岭文化和石家河文化构成，他们的绝对年代约在距今6900─4200年之间。在发展的构成中，南北两系统的考古学文化有着不同程度的交往和影响。约在距今5100年前后，这种以二元为主体的谱系结构被打破，即北方系统的油子岭文化逐步向西南扩展，到屈家岭文化时期基本取代了南方系统，实现了空前的统一和繁荣。尽管如此，南方系统的文化出土仍有部分保留，成为北方系统的不同地方类型。石家河文化之后，来自中原的考古学文化逐渐向长江中游地区渗透，形成了后石家河文化，从根本上改变了长江中游地区的传统文化谱系结构，向中华民族多元一体化进程迈出了重要的一步。」〈27〉
传说中，这个区域有三苗集团。按照《国语•楚语》下及高诱注，三苗是九黎的后裔。九黎的分布，文献记载不明。三苗则战国初吴起指出其地望：「昔者三苗所居，左有彭蠡之波，右有洞庭之水，文山在其南，而衡山在其北」(《战国策•魏策》)。《史记•五帝本纪》载：「三苗在江淮、荆州数为乱。」徐旭生和钱穆均作过考证，所说即鄱阳湖、洞庭湖一带。俞伟超首先从考古学的角度把三苗与长江中游的史前文化联系起来，认为长江中游「以屈家岭文化为中心的原始文化」属于三苗文化遗存。屈家岭文化最盛时「向北影响丹江和汉水中游，直抵伏牛山麓，使得那里的原始文化从以原始因素为主，转化为以屈家岭因素为主。在洞庭、鄱阳两湖间江西修水一带的南部类型，因自身序列不清，不知始于何时，但至迟到屈家岭阶段，长江中游的原始文化因素已达到那里，并同岭南的石峡文化结合在一起。在前3000纪中叶以后，这个文化系统发达到新阶段，文化面貌发生急速变化，可能进入铜石并用时期，并同黄河中下游龙山文化阶段诸文化发生更多的接触。」〈28〉考古学文化的这种发展与三苗集团的范围与势力消长大致吻合。从长江中游史前文化的谱系分析来看，屈家岭文化、石家河文化有明确的北方因素，故有学者把它们当作「北方系统的考古学文化」〈29〉。越来越多的证据说明它们的起源与面向海洋的「鼎文化」传统有内在的联系。如，石家河文化中的陶规受泰沂地区的文化传统的影响。石家河文化的玉器也有明显的大汶口──龙山文化风格(如玉凤等)〈30〉。
综上，长江中游地区，屈家岭文化时期大致出现了「一统」的局面，相对稳定一段时间后进入石家河文化时期，此时整个长江中游的文化面貌有较大的变化。「后石家河文化」与石家河文化之间已经发生文化的断裂现象，似乎说明了尧舜禹时期中原对「三苗」的征伐。
另外，有学者指出，黄帝集团在较早的时期有一支发展到长江中游的宜昌地区，与西陵峡一带的土著通婚，衍生出「昌意族」，并从考古学上予以证明，即「仰韶文化南下对大溪文化中心区的影响，也许就有着黄帝与嫘祖传说的历史背景」〈31〉。长江以北地区，无论大溪文化，还是油子岭文化都明显可见仰韶文化(半坡文化和庙底沟文化)的影响因素，而且呈由北向南逐渐减弱之势，至江南则基本不见其踪迹了〈32〉。
长江下游，以太湖平原为中心，南到杭州湾地区，北以宁镇地区为中心(包括苏皖接壤地区)，是自有渊源、新石器时代的考古学文化序列完整的文化区系。自河姆渡文化(前5000─前3400年)──马家文化(前5000─前4000年)以下，有松泽文化(前4000─前3200年)、良渚文化(前3200─前2200年)〈33〉。
这个地区分为三个明显的中心，即杭州湾宁绍地区，太湖周围和苏杭地区，以及以南京为中心的苏皖接壤地区。其文化面貌有自己特点，如稻作农业、干阑式建筑等。特别是，良渚文化出现的成套的礼玉、高坛建筑土筑(「金字塔」)和规划严整的聚落等等，成为中华文明的重要内容，说明其开始进入等级礼制社会。令人惊讶的是，良渚文化的发展突然中断。其新石器时代的文化与后来的青铜文化看不出直接的联系。我曾将其原因推测为自然灾害方面的后果，近来从地理、地质研究的结构基本支持了这个推测：距今4000年前，在长江下游一带发生了大规模的洪涝灾害〈34〉。
良渚文化明显地影响到南北各地。鲁南──苏北一带的大汶口──龙山文化就包含有颇多的良渚文化因素，反过来，良渚文化也受到了大汶口──龙山文化的影响，两种文化的陶器和石器常有互借现象。近年来，关于良渚玉器符号和大汶口文化符号的探讨，已表明了两种文化区系间的密切往来〈35〉。发掘不久的江苏新沂花厅遗址，就是两大集团文化相碰撞的最好证明。在这处属于大汶口文化的遗址中，所出土的玉器基本是良渚文化的风格〈36〉。严文明认为这是两种文化「冲击」与「碰撞」的结果〈37〉。
良渚文化的重要性，考古学和历史学家都已作了充分的估计，或称其达到「酋帮制」阶段，或认为处于「军事民主制古国」时期。我以为应列作「前王朝古国」时期，至于这一历史时期的性质与文化内涵，已在引言中阐述，于此不赘。我们清楚地知道，良渚文化的诸多因素为夏商周所吸纳，如礼玉制度，鼎的使用，甚至商周时期的「饕餮纹」也是直接来自良渚玉器上的纹饰〈38〉。但是，整个三代，长江下游的文化和文明发展都表现出中断和回归的特点，直到春秋中晚叶才重新起步，兴起了吴越文明。也许，正因此之故，在先秦文献及汉晋以来流传的神话传说中，不见远古时期客观存在于这一带的部落与部落集团。相当时期内，对其认识一直是一片空白。如，前举蒙文通的「三系说」和徐旭生的「三集团说」都将长江下游视作洪荒无人的空白之区。
我们的意见是，伏羲、女娲神话起源于长江下游。由于已在〈中国远古的各部落集团〉一文做了考证，此不重复〈39〉。
3.燕辽文化区及黄河上游文化区
燕辽文化区，相当于苏秉琦所说「以燕山南北、长城地带为重心的」北方文化区。包括辽东、辽西和燕山南北地带的新石器文化。辽西，进入1980年代以来有一系列的重大考古发现，凸显了辽西作为文明起源中心的地位。特别是围绕「坛──庙──冢」及「古文化──古城──古国」的讨论，将牛河梁、红山咀等的重要发现提高到文明起源的认识水平，进而中华文明的北方源头已见端倪。不久，又发现更早的查海文化和兴隆洼文化。查海遗址位于辽宁阜新，兴隆洼遗址位于内蒙古敖汉旗。两种文化的最早年代均超过前6000年〈40〉。查海出土十数件真玉制品，包括工具和装饰品，还发现了最早的龙纹图像，被誉为「中华第一村」。兴隆洼遗址是目前中国北方已知年代最早的环壕聚落遗址，已发掘的房屋有120多座，排列有序，居于中心的房子面积达140平方米，可知当时的社会结构组织已相当系统和发达。兴隆洼文化的发现，揭开了北方新石器考古研究的新篇章。查海文化和兴隆洼文化的玉器是已知最早的中国玉器作品。属于新石器时代早期的文化还有赵家沟文化(距今7200─6800年) 〈41〉。继之为红山文化(距今6000─5500年)和富河文化(距今约5200年)。前述之牛河梁和红山咀均为红山文化，其重要性不言而喻。
辽东及旅大地区，为新乐文化(距今7300─6800年)和小珠山(下层)文化(距今6500─4500年)。小珠山为代表的辽东半岛的新石器文化，明显受到了大汶口──龙山文化的影响。山东长岛大汶口文化遗址的系统发掘，从一个侧面证实了山东半岛和辽东半岛之间文化联系的密切性。新乐文化基本是一支独立的文化系统，与红山文化和大汶口文化都有一定的关系，如彩陶和「之」字纹的普遍使用等。在内蒙古的中南部已进入仰韶文化(庙底沟类型)的分布范围，此不赘。
由上可知，该区的考古学文化系统比较完整，且自成体系。文化面貌也有自己的特点，如常见细石器，石砌建筑和陶塑像发达，玉器自成系统，等等。这些内涵，都昭示了这是一个独立的古文化区。多年前，我写〈商先起源于幽燕说〉(与干志耿、李殿福合作)及〈商先起源于幽燕说再考察〉，论证商起源于幽燕地区，至上甲微以后，南下发展于河济泰山之间〈42〉。
黄河上游，指陇山以西的甘青地区，分布着马家 文化(距今5200─4000年)和齐家文化(距今约4000年)。这已进入新石器时代的晚期，大体与中原的龙山文化相当，即所谓的「龙山时代」时期。新石器时代中期，一般认为这里是仰韶文化的分布范围。再向上因材料有限，则无法追溯。
黄河上游的新石器时代文化，是一种旱地农业文化，直至青铜时代早期。但狩猎和畜牧业则一直占有相当大的比重，其继承发展的是游牧文化。人们通常不把甘青区划为一个独立的区系，除了囿于材料外，主要没有同时考虑生计类型的文化要素。这一带昆仑神话一直占有重要地位。
4.鄱阳湖──珠江三角洲为中心的华南文化区
华南地区，包括今天的两广、闽台和江西等省在内，多为山地和丘陵地带。由于地处东南沿海，是降雨充沛的热带和亚热带地区。万年以来，这里已经进入新石器时代。新石器文化可分为早、晚两期。
早期的文化具有浓郁的地方色彩。遗址多分布于洞穴，贝丘或台地。打制石器和磨制石器共存，骨角器、蚌器较为发达，陶器粗糙。采集渔猎经济仍占主要地位。重要的遗址，如江西仙人洞、广西的豹子头、广东的西樵山遗址等，均在距今8000年以上。仙人洞文化，距今约1万年。新石器时期中期，只有台湾的大盆坑文化，距今约6400年。
新石器时代晚期，已有发达的农业，江西修水山背和广东石峡文化都发现了稻谷遗存。陶器也更为精致，更晚的时候还出现了硬陶。石峡文化距今5000─4000年，山背文化距今4800年。在福建有昙石山文化(距今4000─3500年)，台湾有凤头鼻文化(距今4500─3500年)、圆山文化(距今4000─3500年)和卑南文化(距今3000─2000年)等。台湾海峡两岸，是一个考古学文化系统。这些分布于江西、两广和闽台的考古学文化既有地域差别，又有颇多的共性。如，石峡文化与长江中游的考古学文化有相互影响的关系，而石峡文化的玉器又受到良渚文化的影响(如良渚式玉琮)。
对于广泛分布于华南地区的几何纹陶和有段石锛、双肩石斧为代表的文化遗存，曾命名为「几何印纹陶文化」，实际这在年代是有问题的。「几何印纹陶文化」始自新石器，兴盛于商周时期。
由于云贵高原所知的新石器文化遗存仍然较少，认识也还有限。俞伟超认为，四川盆地的青铜文化一部分就来源于云贵高原的文化(另一部分来自岷江上游)〈43〉。新石器时代早中期的文化基本未见，晚期以云南的白羊村文化为代表(距今约4200年)。在洱海、滇池地区的这些遗存，表明这里是稻作农业的文化。在西藏昌都，发现了卡若文化，距今5300─4000年，除了旧石器外，磨制石器和陶器共存，是一种以粟为主要经济的农业文化。
古史记载，这里是远古时期的荒蛮之野。百越诸民族系统当起源于岭南及东南沿海远古文化基础之上。
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