其一，乾嘉汉学作为清代占支配地位的学术思潮与学术流振。从总体上看，它仍是封建时代为封建统治服务的封建文化。该学派的治学宗旨和特点，决定了其治学内容主要是儒家经典和其他封建典籍，其中必然包含不少封建毒素。它研究考证的问题，多半停留在书本文献中，缺乏新鲜的、现实生活中的实际内容，确具有脱离实际的倾向，这是乾嘉汉学的根本局限和弊端。

        其二，复古、烦琐、形而上学也是乾嘉汉学突出的弊端。由于乾嘉汉学在治学内容上以儒家经学为核心，又认为儒家的经典愈古愈真，甚至认为对儒家典籍的注疏，也是愈古愈好，唐必胜于宋，汉必胜于唐。这种思想方法使他们观察问题的角度，主要是向后看，而不是向前看，尤其是以惠栋为代表的吴派学者，抱着“凡古必真，凡汉皆好”的态度，更具有明显的复古、泥古特征。再者，由于乾嘉汉学强调博证，发展到后来，甚至卖弄博洽，为考证而考证，致使其愈益烦琐，往往“繁称千言，始晓一形一声之故”。再者，乾嘉学者虽能对个别问题和事例通过考据得出正确的结论，但却具有孤立、片面、狭隘的观点，不能用运动、变化、发展的观点去观察研究问题，也不能从事物的相互联系中分析事物的发展趋势，具有明显的形而上学特征。这种思维方式，限于对微观的具体事物、具体问题的考察，却不能从宏观上对重大的历史事变作出应有的分析和说明，这种局限决定了乾嘉汉学在社会相对稳定、经济较为繁荣的时期，有可能作为盛世的反映和点缀，但一旦时过境迁，社会转向衰败，出现尖锐的矛盾和危机，它便失去了存在和发展的条件。

        其三，党同伐异，壁垒森严的门户之见，这是影响乾嘉汉学发展的另一弊端。任何一个有特色、有成就、有生命力的学派，必然是兼收并蓄，吸收各家之长。但乾嘉汉学在汉、宋学之争中，具有很深的门户之见。多数乾嘉学的学者把汉、宋学之争，加以绝对对立，认为汉学重名物训诂

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