清朝立即派遣四川总督策楞率军入藏平乱。此时，七世达赖喇嘛尽力保护驻藏官员家属，很快控制住了西藏的局势。清廷遂下令停止川军入藏，只派策楞赴藏办理善后事宜。清朝鉴于珠氏之乱，废除了郡王制，授权达赖喇嘛“亲政”，管理西藏地方政府；组建噶厦地方政府，设噶伦四人，三俗一僧，共同协商办理日常事务，遇有重大政务必须请示达赖喇嘛和驻藏大臣；噶伦由达赖喇嘛和驻藏大臣举荐，呈报清朝正式任命。此次对西藏行政体制的重大调整，一改以往的政教分离方式，而实行了政教合一的制度。这一做法更符合当时西藏社会的特点，这种制度一直延续到了清朝灭亡。

1751年初，云南提督冶大雄奏请，“藏内仍照前安设重兵驻防”，“三年一换”。同年4月，四川总督策楞等亦奏：“藏内仍须驻兵五百，其沿途台站亦应照数安设妥协。现将所带进藏官兵内，照数挑选驻藏……兵一千名。”（注：《清高宗实录》卷387。）清朝鉴于西藏之乱的严重教训，采纳此奏，恢复藏内仍驻兵500的旧制，另派兵千名驻守四川至西藏沿途所设军台、粮站。同时批准了策楞等拟定的《西藏善后章程》，该章程提高和巩固了达赖喇嘛的地位和职权，强调了驻藏大臣与达赖喇嘛地位平等。关于驻防军队事项规定：增设管理西藏地方军队的代本一名，加强防御。藏军的调遣，防御卡隘，“均应遵旨，听候达赖喇嘛并驻藏大臣印信文书遵行”。

此后，驻藏清军发挥了重要作用，对西藏一个长时期的稳定作出了贡献。但到18世纪末，西藏又陷入廓尔喀（清史作“巴勒布”）两次入侵的混乱局面，清朝再次大规模派遣部队入藏征剿。

乾隆五十四年（1789年），在廓尔喀第一次侵藏后，乾隆帝即派理藩院侍郎巴忠、成都将军鄂辉等率军入藏。清军抵藏后，廓尔喀向我求和，巴忠等人违反乾隆帝意旨，擅自议和，许给廓尔喀每年元宝三百个（合银九千六百两），作为“地租”赔偿，廓尔喀退兵。鄂辉等人谎奏“业经全行收复，边界廓清”。但在条奏善后事宜中建议：“前藏向驻绿营官兵五百十员名……其札什伦布地方，亦应酌拨绿营官兵分驻。”并从察木多、江卡（今芒康）、硕板多（今边坝）

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