但是，谭嗣同又认为知根源于“以太”，而“以太”就是“仁”。所以他又说：“智慧生于仁”；“知不知之辩，于其仁不仁。”“仁”之所以是智慧、认识的根源，乃因“仁”就是“通”。“夫仁，以太之用，而天地万物由之以生，由之以通。”能够以仁“通天地万物人我为一身”，就能无所不知。所以他说：“仁之至，自无不知也。”(谭嗣同：《仁学》。)“通”，当然是认识的一个必要条件，但把所以“通”归结为“仁”，就必然陷入神秘主义。

　　谭嗣同认为脑是“以太之用之至灵”。他还根据佛教唯识宗的观点断言：“为大脑之体者，藏识也。”(谭嗣同：《仁学》。)“藏识”是一切识的种子，也是变现天地万物的根源。他说：“吾大脑之所在，藏识之所在也。其前有圆洼焉，吾意以为镜，天地万物毕现影于中焉。”“即彼藏识，亦无生灭，……此生所造，还人藏识，为来生因，因又成果，颠倒循环，无始沦滔。沦滔不已，乃灼然谓天地万物矣。”(谭嗣同：《仁学》。)“藏识”不仅是镜子，能使天地万物“毕现影于中”，而且也是变现天地万物的根源。因此，认识的对象归根到底是由“藏识”自生的，认识的源泉就是“藏识”本身。谭嗣同把“藏识”看作是认识的源泉同他把“仁”看作是智慧、认识的根源的观点是一致的。因为在他看来，“藏识转，始足以为仁”，“藏识转为大圆智镜”(谭嗣同：《仁学》。)。由上可以看出，在谭嗣同那里，认识的主客体之分，不过是作为大脑之体的“藏识”的自我对置。

　　根据日常的认识活动，谭嗣同也承认感官感知活动

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